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sour1993新蟲 (初入文壇)
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為什么在用amber的antechamber轉(zhuǎn)化力場文件時(shí)轉(zhuǎn)化不了與Se有關(guān)的？ 已有1人參與
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我用高斯03計(jì)算了一下與Se有關(guān)的小分子，用antechamber轉(zhuǎn)化力場時(shí)出現(xiàn)了下面的提示，但是沒有Se的時(shí)候很順利，求大神們幫忙要怎么解決這個(gè)問題？ af and leap.in in /home/gromacs/lidbambertool/amber14/bin For atom[1]:Se1, the best APS is not zero, bonds involved by this atom are frozen For atom[7]:Se2, the best APS is not zero, bonds involved by this atom are frozen The frozen atom type can only be 1, 2, 3, 7 (aromatic single), 8 (aromatic double)Error: cannot run "/home/gromacs/lidbambertool/amber11/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac" in judgebondtype() of antechamber.c properly, exit antechamber success Cannot open file out.mol2 to read in rmol2(), exit |
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2樓2015-09-17 09:05:19
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3樓2018-03-12 10:29:21
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