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NAMD并行計(jì)算多少個(gè)核合適？ 已有2人參與
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想問(wèn)一下用NAMD并行計(jì)算多少個(gè)核合適？我的體系大概會(huì)16000個(gè)原子，算40ns 我老師說(shuō)并不是核多了并行速度就快，所以一直沒(méi)找到合適的核數(shù)，用了800個(gè)核算并行效果并不好，還沒(méi)老師臭罵了，大概是又浪費(fèi)錢了  求大神 |
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suibingkuai
銅蟲 (初入文壇)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
紅顏不美: 金幣+10 2015-08-17 15:18:37
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
紅顏不美: 金幣+10 2015-08-17 15:18:37
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租的服務(wù)器吧？ 你需要先問(wèn)清楚那邊的服務(wù)器是否有InfiniBand。只有裝了InfiniBand，NAMD的跨節(jié)點(diǎn)并行效率才會(huì)高。否則，節(jié)點(diǎn)間通訊會(huì)嚴(yán)重影響速度。 你的體系完全沒(méi)必要用800個(gè)core，如果有InfiniBand，建議試試64 core、80 core。如果沒(méi)有，試試單節(jié)點(diǎn)24core或16core吧。才40 ns，用不了多久的。 問(wèn)一下，租的哪里的服務(wù)器？ |
2樓2015-08-15 10:37:41
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
紅顏不美: 金幣+10 2015-08-17 15:19:08
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
紅顏不美: 金幣+10 2015-08-17 15:19:08
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3樓2015-08-16 05:20:45
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