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yuqufan木蟲 (著名寫手)
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[求助]
以下步驟正確嗎？用Materials studio求水的內(nèi)聚能密度？ 已有1人參與
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1畫好水分子，點(diǎn)擊Modules菜單下Amorphous Cell—Calculation。 2.Setup選項(xiàng)卡中Composition中Molecular中選中結(jié)構(gòu)優(yōu)化后的H2O.xsd文件，Loading為1，會(huì)自動(dòng)生成盒子的大小。（1個(gè)水分子是否合適？） 3.對(duì)AC盒子進(jìn)行Anneal NVT平衡。 4.Anneal退火。 5.NVT、NPT平衡：NVT、NPT交替跑了5次。 6.NPT跑生產(chǎn)。100幀圖。（10ns 100幀圖是不是少了點(diǎn)��？） 7.計(jì)算內(nèi)聚能密度。 但為什么計(jì)算出來水的密度為1.2左右，后來調(diào)節(jié)NPT的壓力為0.0001GPa（1個(gè)大氣壓），計(jì)算出水的密度仍然是1.2左右？請(qǐng)給予指點(diǎn)！ 該步驟有無問題。最好是有高手能將計(jì)算的正確過程能詳細(xì)貼出來。 文獻(xiàn)的參數(shù)如圖中： 1.JPG 2.JPG |
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2樓2015-08-16 21:22:10
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3樓2015-08-17 08:18:23
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4樓2015-08-17 08:31:40
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問題已解決。嘗試了一晚上，嘗試了各種壓力下，得到的密度值，均為1.2左右，表明與壓力無關(guān)。增加了水分子的個(gè)數(shù)，將水分子調(diào)成100%，盒子尺寸為14.4A*14.4A*14.4A（已知一個(gè)水分子的體積為30A，算起來這個(gè)盒子好像也不大對(duì)），水分子個(gè)數(shù)未計(jì)，但目測(cè)好像沒有50個(gè)（個(gè)人也不知道怎么查看水分子個(gè)數(shù)）。這次計(jì)算的值與文獻(xiàn)較一致，但計(jì)算時(shí)長(zhǎng)明顯加長(zhǎng)，要8個(gè)小時(shí)。以后計(jì)算用的分子數(shù)目也要注意。 希望各位看貼的人回答完我的問題。另外盒子中水分子的個(gè)數(shù)怎么看？ |
5樓2015-08-17 09:48:44
yuqufan
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6樓2015-08-17 09:49:15
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10樓2018-10-25 22:08:38
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