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趙紅霞鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
求VMD腳本 計(jì)算軌跡文件的溶劑可及表面sasa 已有1人參與
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我的體系包含polymer和solvent，我需要計(jì)算polymer的溶劑可及表面，搜到的一些命令，如： set all [atomselect top "all"] set some [atomselect top "resid 1 to 5"] measure sasa 1.4 $all -restrict $some 是可以計(jì)算一幀的sasa，但是我要計(jì)算軌跡文件的sasa隨模擬時(shí)間的變化，也就是把每一幀的sasa都輸出，求腳本。 |
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2樓2015-08-26 18:09:16
趙紅霞
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3樓2015-08-26 19:07:50
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4樓2015-08-26 19:52:37
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set numframe [molinfo top get numframes] set out [open zhx.txt w] for {set i 0 } {$i<numframe} {incr i} { set some [atomselect top "resid 1 to 5"] set zhx [ measure sasa 1.4 $all -restrict $some] $some frame $i $zhx frame $i $zhx update $some update puts $out $zhx } close $out |
5樓2015-08-26 19:56:57
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