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809011916銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
data文件獲取的問(wèn)題 已有1人參與
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| 通過(guò)MS建模并優(yōu)化得到各分子的.pdb文件，然后通過(guò)packmol軟件創(chuàng)建了初始構(gòu)型，最后使用VMD的topo命令將之寫(xiě)成了適合lammps的data文件，結(jié)果顯示其中atoms數(shù)量、類(lèi)型都正確，但bonds類(lèi)型、angles類(lèi)型、dihedrals類(lèi)型及其數(shù)量都不對(duì)（本來(lái)bonds type應(yīng)該是5種，但此種方法得出結(jié)果是1種；此外其他的類(lèi)型結(jié)果都是0，數(shù)量也是0），請(qǐng)教下各位是我的方法問(wèn)題還是這個(gè)方法的局限性。如果是方法不對(duì)，那是初始分子.pdb文件創(chuàng)建的問(wèn)題嗎？如何解決這個(gè)問(wèn)題？謝謝！ |
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趙紅霞
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809011916: 金幣+40, ★★★★★最佳答案 2015-09-01 04:24:29
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MS的兼容性不好，存為pdb格式，再轉(zhuǎn)到其它軟件里很有可能會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤，尤其是還這樣經(jīng)過(guò)了好幾個(gè)軟件的，你每一步都打開(kāi)文件看看，就可以看到哪一環(huán)出現(xiàn)了問(wèn)題。 這個(gè)方法，希望對(duì)你有用： 1.MS里建模并分配力場(chǎng)（pcff或cvff，只能是這倆），將模型export為car格式，這時(shí)候跟隨car文件會(huì)自動(dòng)生成mdf文件。 2. 將car文件和mdf文件都拷到包含lammps的msi2lmp.exe的文件夾里，輸入msi2lmp.exe filename(你的文件名) 3. msi2lmp.exe如何生成呢？進(jìn)入到lammps/tools/msi2lmp/src，直接make就生成了 |
2樓2015-08-31 09:09:05
809011916
銅蟲(chóng) (小有名氣)
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3樓2015-09-01 04:24:57
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