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charliecaili鐵蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
石墨烯拉伸模擬 已有1人參與
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本人做石墨烯拉伸模擬，想固定石墨烯板Y軸兩端各2個(gè)單位長(zhǎng)度，但是模擬結(jié)果出來(lái)卻沒(méi)有對(duì)兩端固定，請(qǐng)大神幫我看看問(wèn)題出在哪里，跪謝�。� ## INITIALIZATION ###################### units metal dimension 3 boundary f p f atom_style atomic newton on ## ATOM DEFINITION ###################### lattice custom 2.4595 a1 1 0 0 a2 0 1.73203 0 a3 0 0 1 basis 0 0.666666666 0 basis 0.5 0.5 0 basis 0.5 0.16666666 0 & basis 0 0 0 region box block -20 20 -10 10 -50 50 create_box 1 box region mid1 block -8 8 -8 8 -0.5 0.5 create_atoms 1 region mid1 mass 1 12.010000 ## SETTINGS ###################### pair_style airebo 3.0 pair_coeff * * potentials/CH.airebo C region lower block -8 8 -8 -6 -0.5 0.5 region upper block -8 8 6 8 -0.5 0.5 group upper region upper group lower region lower group boundary union upper lower group mobile subtract all boundary # initial velocities fix 1 all nvt temp 300 300 0.1 velocity boundary set 0.0 0.0 0.0 fix 2 boundary setforce 0.0 0.0 0.0 min_style cg minimize 1e-25 1e-25 5000 10000 unfix 1 unfix 2 timestep 0.001 fix 1 all npt temp 300 300 0.05 y 0 0 0.5 thermo 20 compute myTemp all temp compute 1 all stress/atom myTemp compute 2 all pe/atom pair bond compute 3 all reduce sum c_1[1] c_1[2] c_1[3] shell mkdir 10.9duxg3 shell cd 10.9duxg3 thermo_style custom step temp pe ke etotal lx ly press pxx pyy c_3[1] c_3[2] c_3[3] dump 1 all custom 1000 dump.chiyu.* id type x y z ## RUNING-RELAXATION ###################### run 30000 ## RUNNING-DEFORMATION ###################### unfix 1 undump 1 fix 1 all nvt temp 300 300 0.05 fix 2 all ave/atom 1 1000 1000 c_1[1] c_1[2] c_1[3] c_2 fx fy fz dump 1 all custom 1000 dump.new.* id type x y z vx vy vz c_1[1] c_1[2] c_1[3] & c_2 f_2[1] f_2[2] f_2[3] f_2[4] f_2[5] f_2[6] f_2[7] variable srate equal 1.0e10 variable srate1 equal "v_srate / 1.0e12" fix 3 all deform 1 y erate ${srate1} units box remap x ################### variable tmp equal "ly" variable ly0 equal ${tmp} print "Initial Length, ly0: ${ly0}" variable strain equal "(ly- v_ly0)/v_ly0" # Output strain and stress info to file # for units metal, pressure is in [bars] = 100 [kPa] = 1/10000 [GPa] # p2 are in GPa variable p1 equal "v_strain" variable p2 equal "-pyy/10000" variable p3 equal "pe" fix equill all print 500 "${p1} ${p2} ${p3}" file data.1.txt screen no run 40000 ########### ###################################### # SIMULATION DONE print "All done" 結(jié)果圖.png |
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2015-09-04 14:47:54, 941.56 K
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 分子動(dòng)力學(xué)模擬 |
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panbin
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group mobile subtract all boundary～～～是不是這一句的問(wèn)題，沒(méi)固定住組 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
2樓2015-09-04 16:06:34
charliecaili
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3樓2015-09-05 08:34:20
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4樓2015-09-05 20:11:42
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