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wangxueqin金蟲 (小有名氣)
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[求助]
GATK生成的VCF轉(zhuǎn)換成FASTA格式后，不是alignment結(jié)果 已有1人參與
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有哪位高手熟悉GATK的使用么？我之前用BOWTIE+SAMTOOLS來分析過數(shù)據(jù)，生成的vcf格式文件，轉(zhuǎn)換成FASTA之后直接就是alignment的結(jié)果，每個樣品的序列長度是一致的。但是不知道為什么用GATK生成的vcf格式文件，轉(zhuǎn)換成FASTA之后,每個樣品的序列長度不一樣？gatk使用的命令如下： java -jar GenomeAnalysisTK.jar -T HaplotypeCaller -R ./pe.scaffolds.db.fasta -I ./AEM.dedupped.bam -o ./AEM.raw_variants.g.vcf . --genotyping_mode DISCOVERY -stand_emit_conf 10 -stand_call_conf 30 --allow_potentially_misencoded_quality_scores --emitRefConfidence GVCF -variant_index_type LINEAR -variant_index_parameter 128000 java -jar GenomeAnalysisTK.jar \ -T GenotypeGVCFs \ -R pe.scaffolds.db.fasta \ --variant 123480.raw_variants.g.vcf \ --variant 123651.raw_variants.g.vcf \ -o 56species_raw.vcf \ java -jar GenomeAnalysisTK.jar \ -T SelectVariants \ -R pe.scaffolds.db.fasta \ -V 56species_raw.vcf \ -L PH01000000 \ -ef \ -o 56species_test.vcf |
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radiomumm
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3樓2015-09-16 12:35:19
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