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Litter_horsr銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
CLNEB計算過渡態(tài)的問題 已有1人參與
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參照說明書，我做了在氧化鎵表面吸附H2的過程過渡態(tài) 由于已經(jīng)有文獻給出H2吸附在表面時，它的穩(wěn)定結構，所以就沒有再去過多的考慮可能的吸附情況，直接采用最穩(wěn)定結構作為終態(tài)進行優(yōu)化。初始態(tài)是H2分子物理吸附在表面，距離表面高度為0.7A 優(yōu)化和Clneb時候的IBCAR設置: 優(yōu)化時： SYSTEM=GaO ENCUT=480 ISTART=0 ICHARG=2 ISMEAR=0 SIGMA=0.02 NSW=500 IBRION=2 ISIF=2 EDIFF=1E-5 EDIFFG=-0.01 NELM=180 LORBIT=0 POTIM=0.08 PREC=Accurate 初態(tài)和終態(tài)的結構優(yōu)化之后，插入四個鏡像 。00-05 SYSTEM=GaO ENCUT=480 ISTART=0 ICHARG=2 ISMEAR=0 SIGMA=0.02 NSW=500 ISIF=2 EDIFF=1E-5 EDIFFG=-0.1 NELM=180 LORBIT=0 PREC=Accurate #for Clneb IBRION=3 POTIM=0 IOPT=0 ICHAIN=0 LCLIMB=.TURE. SPRING=-5 IMAGES=4 結果能夠運行，但是一直優(yōu)化不完，最后一步的時候提示： 500 F= -.24183396E+03 E0= -.24183396E+03 d E =0.334694E-09 quench: g(F)= 0.000E+00 g(S)= 0.000E+00 dE (1.order)= 0.000E+00 writing wavefunctions real 28323.73 user 450211.62 sys 342.69 Sat Sep 5 17:00:42 CST 2015 并且查看原子間力的時候，有如下（nebef.pl腳本） 0 0.000000 -241.833900 0.000000 1 0.000000 -240.388700 1.445200 2 0.000000 -239.776100 2.057800 3 0.000000 -240.928700 0.905200 力全部為0…… 請問： 1、過渡態(tài)計算為什么不收斂？ 2、利用CLNEB主要采用力作為收斂條件，但是這個力全部為0.怎么解決？ |
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任務提交命令有問題，你是在超算中心算的還是自己的服務器上，VTSY腳本編譯進去了嗎 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2015-09-06 09:30:41
阿克飛頓
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3樓2015-09-06 09:30:53
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cenwanglai: 金幣+2, 謝謝~ 2015-09-06 10:03:02
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這是我在超算中心的提交方法，你如果已經(jīng)編譯VTST腳本了，參照我的方法做一下改動試試 1）vasp和vasp-vtsts早加入到環(huán)境變量設置文件.bash_profile中了 2）提交vasp的計算腳本： bsub -J job_name -q q_x86_kanglh -n 48 -o log.txt?~/apps/vasp/5.3.2/x86_64/bin/vasp 3）提交vasp-vtst的計算腳本： bsub -J job_name -q q_x86_kanglh -n 48 -o log.txt ~/apps/vasp-vtst/5.3.2/x86_64/bin/vasp-vtst 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2015-09-06 09:33:46
Litter_horsr
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1. VASP自身并不帶climbing功能，需要把vtstcode加進vasp編譯。 2. IOPT =0 是什么意思？如果加入了vtstcode代碼，建議用更高效的優(yōu)化器（調整IOPT=？）。請搜索neb tst 3. 反應路徑計算，失敗的幾率很大，因此需要注意優(yōu)化策略。最好不要一上來就高精度。 EDIFF=1E-5 ！作死 EDIFFG=-0.01 ！一上來就這樣的精度，作死 NELM=180 ！正常情況下，離子步如果40步以內不收斂，說明結構及其不合理。默認即可。 LORBIT=0 POTIM=0.08 ！請用CNEB的優(yōu)化器，POTIM = 0, IBRION = 3. PREC=Accurate !這個，看你的系統(tǒng)精度。如果對路徑和計算技術本身不是很熟悉，可以考慮先Normal. 搜索出個大概來了，再Accurate. LCLIMB = .TRUE. !一開始的時候最好關掉。先搜索出路徑的整體輪廓來（EDIFFG=-0.03~-0.05)，然后再打開。 4. 反應路徑計算費神勞力，需要較多的低精度測試計算來加深對反應過程的理解和把握，最后在低精度計算篩選出來的少數(shù)可信的路徑上提高精度才是有智慧的表現(xiàn)。 |
6樓2015-09-06 10:00:25
阿克飛頓
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7樓2015-09-06 10:24:42
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您好，我有個關于過渡態(tài)計算的問題想請教一下， 在尋找過渡態(tài)的時候，我首先插入了3個點（00 01 02 03 04），EDIFF=1E-3 EDIFFG=-0.2 計算收斂后，查看插入點的結構發(fā)現(xiàn)，過渡態(tài)應該存在于02 和03結構之間，那么此時，我是直接用之前粗優(yōu)化的（EDIFF=1E-3 EDIFFG=-0.2）02 03 的結構拿來做下一輪尋找過渡態(tài)的始末結構呢？ 還是先在原來的基礎上先提高精度（EDIFF=1E-5 EDIFFG=-0.02）把02 03結構優(yōu)化好一點之后再進行下一步（區(qū)間）的過渡態(tài)收索？ |
9樓2016-05-06 14:43:18
10樓2016-05-10 09:46:17
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