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809011916銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
【Lammps】LJ單位的交流 已有1人參與
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有關(guān)Lammps的LJ單位的在mannual中的解讀如下： mass = mass or m distance = sigma, where x* = x / sigma time = tau, where t* = t (epsilon / m / sigma^2)^1/2 energy = epsilon, where E* = E / epsilon velocity = sigma/tau, where v* = v tau / sigma force = epsilon/sigma, where f* = f sigma / epsilon torque = epsilon, where t* = t / epsilon temperature = reduced LJ temperature, where T* = T Kb / epsilon pressure = reduced LJ pressure, where P* = P sigma^3 / epsilon dynamic viscosity = reduced LJ viscosity, where eta* = eta sigma^3 / epsilon / tau charge = reduced LJ charge, where q* = q / (4 pi perm0 sigma epsilon)^1/2 dipole = reduced LJ dipole, moment where *mu = mu / (4 pi perm0 sigma^3 epsilon)^1/2 electric field = force/charge, where E* = E (4 pi perm0 sigma epsilon)^1/2 sigma / epsilon density = mass/volume, where rho* = rho sigma^dim 大體上知道了LJ相關(guān)單位是怎么回事，例如一個(gè)體系中有A,B,C,D四種原子，那么會(huì)有多個(gè)sigma和epsilon，利用混合規(guī)則可以得到原子間sigma和epsilon，此時(shí)如果規(guī)定了其中一個(gè)sigma為1，那么另外的sigma就會(huì)隨之改變，由此定義了相關(guān)的pair參數(shù)。有兩個(gè)問題：（1）以此理解類推，如果fix 1 all nvt 1.0 1.0 0.1，即是指溫度保持不變做0.1T下的tdamp進(jìn)行模擬，那此時(shí)的模擬是如何體現(xiàn)具體what溫度下的平衡狀態(tài)呢？這時(shí)T*=T*Kb / epsilon的意義是什么？難道要實(shí)現(xiàn)溫度的意義就要定義real形式？（感覺不會(huì)是這樣，應(yīng)該還是有別的理解方法吧，個(gè)人覺得這個(gè)問題很基礎(chǔ)但又很關(guān)鍵，希望路過的大神解釋下）（2）之前根據(jù)大家的方法輸出了data文件，此時(shí)如果原子定義成lj類型，那data文件中不同單位的坐標(biāo)、參數(shù)豈不是都要隨著進(jìn)行改變？想知道大家如何解決這個(gè)問題的？ 希望大家不吝賜教，謝謝！ |
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alundilong
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【答案】應(yīng)助回帖
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這里的溫度應(yīng)該是：T* = T Kb / epsilon。樓主應(yīng)該多打了一個(gè)星號(hào)。 在轉(zhuǎn)化為真實(shí)溫度的時(shí)候，kb和epsilon都是知道的，對(duì)吧？ 我想，樓主的問題集中在“規(guī)定了其中一個(gè)sigma為1”上面。 請(qǐng)樓主思考，為何平白無故的可以“規(guī)定了其中一個(gè)sigma為1”這個(gè)1怎么來的？ ======================================= 現(xiàn)在看一個(gè)例子 （都在lj作用勢(shì)下）： argon's epsilon = 0.2381 Kcal/mol argon's sigma = 3.405 A copper's epsilon = 9.566 Kcal/mol copper's sigma = 2.2277 A 現(xiàn)在選擇argon的sigma作為基準(zhǔn)長(zhǎng)度，argon的epsilon作為基準(zhǔn)能量； 于是，argon的無量綱（units lj）下的長(zhǎng)度是多少？argon's sigma/ argon's sigma = = 3.405/3.405 = 1 (到這里，我們就知道1是怎么來的了) 以此類推，copper的無量綱下的長(zhǎng)度是 copper's sigma/argon's sigma = 2.2277/3.405 所有坐標(biāo)也是以此類推 能量以此類推。。。 希望有解決樓主的困惑。 |
3樓2016-03-09 00:23:03
jiezhou5322
銀蟲 (正式寫手)
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2樓2016-03-08 21:30:14
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