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吉米愛多鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[求助]
超算中心并行版Gromacs的安裝 已有3人參與
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哪位能提供跨節(jié)點并行版本Gromacs的安裝過程？我在深圳超算中心的電腦上安裝了gmx，我在安裝時，cmake選擇了-DGMX_MPI=ON，提交作業(yè)的lsf腳本文件也用了mpirun指令。 超算是每個節(jié)點12核，用32核算時比12核速度提高了許多（32核速度是12核的2.4倍），但繼續(xù)擴到64核時，比32核速度卻幾乎沒有提升(速度是32核的1.1-1.2倍)。請問這個問題可能出在哪里？就算32核擴到64核有傳輸損失，也不至于那么大呀。因為相比12核到32核，32核到64核速度提升太小了。 |
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7樓2016-01-21 19:23:26
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