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Pipig金蟲 (小有名氣)
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[求助]
【TAIL-PCR】分析結(jié)果詳述
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8-1號，去除LB后與PT載體無縫相接。中間那小段序列無法定位以及與兩種載體匹配。 中間序列54bp 1 ACGATGGACT CCAGAGCGGT CGCTGTTTTG GTTACGATGG ACTCCAGAGC GGCC 7-1號中間序列 1 TACGATGGAC TCCAGAGCGG CCGCCGGATA GGAAACGAAC GAGAGAAGCC GTATCGGACT 61 GTGCCCAAAT CACTATTTCC ACACCCCTAC GATGGACTCC AGAGCGGCCG CAACGCC 認(rèn)為這是填充序列： CCAAAT CACTATTTCC ACACCCCTAC GATGGACTCC AGAGCGGCCG CAACGCC 34-64位堿基定位到玉米六號染色體。 如下結(jié)果： Target summary table Target ID definition e-value percent identity # chr6 chr6 5.005e-7 100.00 1 Download target sequences as fasta expand image Whole genome view expand image Visual alignment for chr6 expand image Alignment details for chr6 Alignment details for hit #1 for chr6 See this region at the MaizeGDB Genome Browser See this region at MaizeSequence.org See this region at PlantGDB.org Score = 31 bits (58.3664334561918), Expect = 5.00514305554672e-07 Identities = 31/31 (1.0000%), Gaps = 0 (0.0000%) Strand = Plus / Minus Query 34 AACGAACGAGAGAAGCCGTATCGGACTGTGC 64 ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 96328336 AACGAACGAGAGAAGCCGTATCGGACTGTGC 96328306 前面1到33個(gè)堿基不知道是哪里來的， 后面65開始的幾十個(gè)堿基，姑且認(rèn)為是填充序列吧。 7號8號填充序列比對結(jié)果（為同一次轉(zhuǎn)化得到的不同轉(zhuǎn)化事件） 6-5號去除了邊界序列后，所剩序列全部與PTF101.1匹配。此序列826bp。 有這么長的載體骨架整合嗎？ 5-1先去除了測序載體序列，而不是先去除PT序列（比對后此序列為PT序列）。 1 TCAGATTGTC GTTTCCCGCC TTCAGTTTAA ACTATCAGTG TT 此序列42bp，載體骨架。 分析，說明此序列還未把載體骨架擴(kuò)增完畢，因?yàn)檫�為出現(xiàn)填充序列。對嗎？ 4-7去除了PT載體和測序載體序列后的中間序列。 1 TACGATGGAC TCCAGAGCGG CCGCTATTTT 此序列30bp。 4號和6號為同一株同一邊界，但它們邊界以外的PT載體序列長度截然不同（200bp、800bp），不知道問題出在了哪里。 中間序列無法與兩種載體匹配且無定位，猜可能是填充序列 3-8去除了PT載體和測序載體序列后的中間序列。 1 TACGATGGAC TCCAGAGCGG CCGCTTTTGT 此序列30bp。中間序列無法與兩載體匹配且無法定位，猜測可能是填充序列 2-5先去除了測序載體序列，而不是先去除PT載體序列 2-5去除了PT載體和測序載體序列后的中間序列。 1 TACGATGGAC TCCAGAGCGG CCGCTTTATT GGT 此序列33Bp。 中間序列無法與兩載體匹配且無法定位，猜測可能為填充序列 1-7去除了PT載體和測序載體序列后的中間序列。 1 TACGATGGAC TCCAGAGCGG CCGCAAGTTT 此序列30bp。 因?yàn)?~4號為同一個(gè)轉(zhuǎn)化事件，所以將其的中間序列進(jìn)行比較。 這圖，能說明填充序列什么的嗎？ 這是我對擴(kuò)增得到的序列分析的步驟。 我對一段序列進(jìn)行分析，首先找出SP3和邊界序列。其次再用剔除了邊界序列的序列與TDNA 所用的載體比對。若有匹配再去除其載體序列。最后用剩下的序列與測序載體比對。這之后，就只剩下了中間的那一部分序列，用這段序列去Blast。請問這樣分析對嗎？ 另外，假如我分析的步驟是對的。 我就遇到了這些問題： 1.剔除了測序載體序列與TDNA 所用載體序列之后，剩下中間那段序列。我對這段序列Blast ，結(jié)果在這約120bp 的序列中。1-30個(gè)堿基與61-120這兩處堿基無法定位及與兩種載體匹配。只有31-60這些堿基定位到了玉米染色體上面。不過其只有e -7的值。 我認(rèn)為61-120為填充序列。但1-30又是什么呢？ 2.我在去除了邊界序列后，直接對其Blast 。結(jié)果有約400-500bp 定位，且e-85。不過，我直接把這序列與測序載體（19-T）比對，結(jié)果100%符合。這下我就迷糊了……… 3.有時(shí)某些序列，不能與SP 3以及邊界序列完全匹配（當(dāng)然，也有只匹配邊界或SP3的情況）。不過，這樣的情況，我分析后，有時(shí)也得到了中間序列（如上，去除了兩種載體序列）。 1:3-5-1； phya1－A115-2-1-2; LB; LAD1－LT0，2.2，3；13號 2:3-5-2； phya1－A115-2-1-2; LB; LAD2－LT0，2.2，3；13號 3:3-5-3； phya1－A115-2-1-2; LB; LAD2－LT0，2.2，3；13號 4:3-5-4； phya1－A115-2-1-2; LB; LAD2－LT0，2.2，3；16號 5:3-9-1； phya1－A115-2-1-2; RB; LAD2－RT0，3.2，4；13號 6:3-18-1； phya1－A115-2-1-2; LB; LAD1－LT0，1.2，2；16號 7:3-19-1； phya2-11號株系; LB; LAD1－LT0，1.2，2；29號 8:3-19-2； phya2-32號株系; LB; LAD1－LT0，1.2，2；31號 (信息！分別為日期代號；基因與株系編號；邊界；LAD與特異引物；不同的單株編號) 均PTF101.1載體 |
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2樓2015-09-17 12:32:39
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3樓2015-09-21 00:10:24
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你應(yīng)該是做tail-pcr確定基因插入位置，我沒細(xì)看，不過我覺得你應(yīng)該在可能的側(cè)翼序列及載體上進(jìn)行引物設(shè)計(jì)，進(jìn)行進(jìn)一步確認(rèn)。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2015-09-21 00:54:01
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5樓2015-09-21 23:23:24
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