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綺落_新蟲 (初入文壇)
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[求助]
Miseq 全基因組測序的細(xì)菌用什么拼接軟件組裝比較好? 已有1人參與
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| 用miseq對純菌提的DNA測序,想問一下用什么拼接軟件組裝比較好? 我現(xiàn)在用的是 spades, 如果是純菌的話需要加一些什么參數(shù)嗎?因?yàn)橹岸际怯胹pades做的環(huán)境微生物宏基因組拼接,對純菌的拼接這一塊我沒有接觸過。求知道的大神們回答。我現(xiàn)在很著急要答案。在線等... |
木蟲 (著名寫手)
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這個問題沒有標(biāo)準(zhǔn)答案的,與你的數(shù)據(jù)量,基因組特性,分析軟件參數(shù)設(shè)置都有關(guān)。你可以自己做一個對比評估,用你能接觸到的資源都比較一下,比如: 1. MiSeq自帶的De novo assembly workflow, 2. BaseSpace上與Genome assembly相關(guān)的Apps, 3. 免費(fèi)三方軟件本地運(yùn)行:比如 Velvet,Allpaths-LG, Abyss等。 由于惰性和條件限制,我其實(shí)也沒有能做到這一點(diǎn),不能給你多少幫助,權(quán)當(dāng)拋磚引玉。 |
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