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克拉克肯特至尊木蟲 (著名寫手)
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In order to identify the members of the IMMs in L. maculans, the Hidden Markov Model (HMM) profiles unique to cyclophilin (accession no. PF00160) and FKBP (accession no. PF00254) from Pfam database (version 26.0) (https://pfam.sanger.ac.uk/) were retrieved and then searched against the genome browser database of L. maculans (https://urgi.versailles.inra.fr/) using HMMER 3.0 software (https://hmmer.janelia.org/). 完全不理解他做了什么。。。。。求解釋 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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克拉克肯特: 金幣+15, 翻譯EPI+1, ★★★★★最佳答案 2015-09-29 09:29:36
克拉克肯特: 金幣+15, 翻譯EPI+1, ★★★★★最佳答案 2015-09-29 09:29:36
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為了確定十字花科小球腔的IMMS各成員，從Pfam數(shù)據(jù)庫（版本26.0）（http：//pfam.sanger.ac.uk/）檢索親環(huán)素（登錄號PF00160）和FKBP（登錄號PF00254）的獨特Hidden Markov Model（HMM）檔案，并用HMMER3.0軟件（https://hmmer.janelia.org/）對十字花科小球腔的基因組瀏覽器數(shù)據(jù)庫（https://urgi.versailles.inra.fr/）進行搜索。 解釋： 此過程的目的：確定十字花科小球腔的IMMS各成員，應(yīng)該主要包括cyclophilin (accession no. PF00160) 和FKBP (accession no. PF00254)。為了拿到這兩個成員的情況，先在Pfam數(shù)據(jù)庫中找到這兩個成員的基本檔案（基本信息），最后根據(jù)相關(guān)信息在十字花科小球腔的基因組瀏覽器數(shù)據(jù)庫中搜索得到所要的東西。 |
3樓2015-09-29 04:27:05
baoshanqiu
至尊木蟲 (著名寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
| 為了找出L. maculans中的IMMs成員，從Pfam 數(shù)據(jù)庫(26.0版本)(https://pfam.sanger.ac.uk/)提取了親環(huán)蛋白獨特的隱馬爾可夫模型(HMM) 譜（登記號PF00160）和FKBP （登記號PF00254），然后用HMMER 3.0軟件(https://hmmer.janelia.org/)查詢L. maculans (https://urgi.versailles.inra.fr/)基因組瀏覽器數(shù)據(jù)庫。 |
2樓2015-09-28 23:07:46
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