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changmaster新蟲 (小有名氣)
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[求助]
高通量測序后分析相關(guān) 已有4人參與
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| 在諾禾做的轉(zhuǎn)錄組測序，總共4個樣，一個對照，3個不同時間的處理樣。對材料進行3h，6h，9h的脅迫處理，獲得的3個處理樣。看文獻好像大多數(shù)學(xué)者都把不同時間的處理樣進行混合，然后測序，最后只需要分析處理樣跟對照兩個進行比較。我當(dāng)初測序的時候不懂，聽了公司銷售人員的話（多測錢多），沒有混合，導(dǎo)致現(xiàn)在不知道該怎么分析。請問有沒有哪位大俠可以給點建議的，感激不盡！ |
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| 可以分別分析對照與3個處理樣的差異基因，以及對照與3個處理樣共有的差異基因 |
changmaster2樓2015-10-10 08:49:40
ahnuzc
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西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2015-10-19 22:58:54
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你把所有處理組混合了，那分時間點還有什么意義？比較肯定是兩兩比較，如樓上所說你可以把每個時間點的處理都和對照比，這樣會產(chǎn)生三組差異表達基因，代表的是不同時間處理的差異。你可以從這三組差異表達基因里面找出重疊的基因，應(yīng)該是比較commn的對脅迫響應(yīng)的基因，其他不重疊的就是時間點特異的了，這里應(yīng)該有很多可以做的 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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6樓2015-10-11 11:57:04
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這其實是測序公司沒有跟你說清楚，或者想讓你多測幾個樣。一般來說，測序分析就是兩組進行比對。你的時間點本是預(yù)實驗該做的事情，通過預(yù)實驗，找到最合適的一個時間點，然后做測序，分析。 既然已經(jīng)測了，說責(zé)備誰的話也沒用。建議你分析一下3個時間點的數(shù)據(jù)與對照組的差異，選擇差異最大的一個進行詳細分析。如此即可！ 如果還有什么不懂，歡迎私信。 |
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8樓2015-10-17 23:42:03
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4樓2015-10-10 16:53:50
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5樓2015-10-10 16:55:32
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7樓2015-10-12 08:52:46
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9樓2015-10-19 07:00:49
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