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Catherine-ru金蟲 (小有名氣)
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如何查看基因或lncRNA網(wǎng)絡(luò)圖的結(jié)果 已有1人參與
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大家在GCBI網(wǎng)站上分析完了之后，對于如何看結(jié)果、如何從結(jié)果中獲取我想要的信息、如何找到關(guān)鍵基因等問題一定很頭疼。為了讓基因分析更簡單，GCBI做了第一步，那么我們來做第二步吧。下面就來教大家如何查看網(wǎng)絡(luò)圖的結(jié)果，在復(fù)雜的基因網(wǎng)絡(luò)中找到關(guān)鍵基因。 GCBI，一個專注做科研的網(wǎng)站：www.gcbi.com.cn 更多分析結(jié)果解讀詳見：GCBI學(xué)院 一. GeneCoexpressionNetwork 根據(jù)基因在樣本中的信號表達(dá)值，利用基因間的相互作用（相關(guān)系數(shù)）來擬合基因的無標(biāo)度網(wǎng)絡(luò)關(guān)系，構(gòu)建基因間的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，結(jié)果樣式如下圖： ![\"如何查看基因或lncRNA網(wǎng)絡(luò)圖的結(jié)果\"](\"https://muchongimg.xmcimg.com/data/bcs/2015/1012/bw149h3776939_1444644698_879.png#opennewwindow\") 點(diǎn)：圖中每個圓點(diǎn)代表一個基因。 顏色：對于兩分組（例如實(shí)驗(yàn)組和對照組），紅色點(diǎn)為上調(diào)基因，藍(lán)色為下調(diào)基因， 對于多分組（例如 組1，組2，組3），由于差異基因中不分上、下調(diào)，所以紫色為差異基因。 連線：兩個基因的共表達(dá)關(guān)系用連線表示，正相關(guān)用實(shí)線連接，負(fù)相關(guān)用虛線連接。 數(shù)量：一般基因數(shù)量建議控制在200-1000左右，數(shù)量太少可能會由于關(guān)系太少，連不成網(wǎng)絡(luò)圖，數(shù)量太多網(wǎng)絡(luò)圖會太大，不便于后續(xù)挑選。 挑選：點(diǎn)的大小代表與之有共表達(dá)關(guān)系的基因數(shù)量，點(diǎn)越大，代表與之有共表達(dá)關(guān)系的基因越多，推測其越重要，是網(wǎng)絡(luò)圖中的核心基因，可以挑選做后續(xù)的驗(yàn)證試驗(yàn)或進(jìn)一步的分析，同時還可根據(jù)關(guān)注的基因來挑選。如上圖中MIOS、MYPN和CTSK等點(diǎn)大的點(diǎn)是網(wǎng)絡(luò)中的核心基因。 二. lncRNAGeneNetwork 根據(jù)基因和lncRNA在樣本中的信號表達(dá)值，利用基因間的相互作用（相關(guān)系數(shù)）來擬合基因和lncRNA的無標(biāo)度網(wǎng)絡(luò)關(guān)系，構(gòu)建基因和基因，基因和lncRNA，lncRNA和lncRNA間的3種相互作用共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，結(jié)果樣式如下圖： ![\"如何查看基因或lncRNA網(wǎng)絡(luò)圖的結(jié)果-1\"](\"https://muchongimg.xmcimg.com/data/bcs/2015/1012/bw132h3776939_1444644699_566.png#opennewwindow\") 點(diǎn)：圖中每個圓點(diǎn)代表一個基因，五邊形代表一個lncRNA。 顏色：對于兩分組（例如實(shí)驗(yàn)組和對照組），紅色圓點(diǎn)為上調(diào)基因，紅色五邊形為上調(diào)lncRNA，藍(lán)色圓點(diǎn)為下調(diào)基因，藍(lán)色五邊形為下調(diào)lncRNA， 對于多分組（例如組1，組2，組3），由于差異基因和差異lncRNA不分上、下調(diào)，所以紫色圓點(diǎn)為差異基因， 紫色五邊形為差異lncRNA。 連線：兩個點(diǎn)的共表達(dá)關(guān)系用連線表示，正相關(guān)用實(shí)線連接，負(fù)相關(guān)用虛線連接。 數(shù)量：一般基因數(shù)量建議控制在100-500左右，lncRNA數(shù)量控制在100-500左右，數(shù)量太少可能會由于關(guān)系太少，連不成網(wǎng)絡(luò)圖，數(shù)量太多網(wǎng)絡(luò)圖會太大，不便于后續(xù)挑選。 挑選：點(diǎn)的大小代表與之有共表達(dá)關(guān)系的基因和lncRNA數(shù)量，點(diǎn)越大，代表與之有共表達(dá)關(guān)系的基因和lncRNA越多，推測其越重要，是網(wǎng)絡(luò)圖中的核心基因和lncRNA，可以挑選做后續(xù)的驗(yàn)證試驗(yàn)或進(jìn)一步的分析。如上圖中ENST00000384172，ENST00000384205是網(wǎng)絡(luò)中核心的lncRNA，IL31RA，HHIP是網(wǎng)絡(luò)中的核心基因。 三. GeneSignalNetwork 基于KEGG數(shù)據(jù)庫中蛋白和蛋白之間的相互作用關(guān)系，構(gòu)建基因的相互作用網(wǎng)絡(luò)圖，結(jié)果樣式如下圖： ![\"如何查看基因或lncRNA網(wǎng)絡(luò)圖的結(jié)果-2\"](\"https://muchongimg.xmcimg.com/data/bcs/2015/1012/bw144h3776939_1444644700_433.png#opennewwindow\") 點(diǎn)：圖中每個點(diǎn)代表一個基因。 顏色：對于兩分組（例如實(shí)驗(yàn)組和對照組），紅色的圓點(diǎn)為上調(diào)基因，藍(lán)色為下調(diào)基因， 對于多分組（例如 組1，組2，組3），由于差異基因不分上、下調(diào)，所以紫色的點(diǎn)為差異基因。 連線：兩個基因之間的相互作用關(guān)系用一條連線來表示，連線上的字母為兩者相互作用關(guān)系類型的簡稱，例如c代表compound，詳情可參考網(wǎng)絡(luò)分析方法說明方法學(xué)說明PDF 對于無箭頭方向的實(shí)線，表明兩者的相互作用關(guān)系有沒有方向性的（例如compund 簡稱c）， 對于有箭頭方向的實(shí)線，表明兩者的相互作用關(guān)系有方向性的（例如active 簡稱a），箭頭起始端為上游基因，箭頭末端為下游基因， 對于有箭頭方向的虛線（indirect 簡稱ind），表明兩者的相互作用關(guān)系有方向性，箭頭起始端為上游基因，箭頭末端為下游基因，但兩者的作用關(guān)系是間接作用， 對于有平頭標(biāo)識的實(shí)線（inhibition 簡稱inh），表明兩者相互作用關(guān)系有方向性，平頭的起始端為上游基因，平頭末端為下游基因，且上游基因?qū)ο掠位蚴且种谱饔藐P(guān)系。 數(shù)量：一般基因數(shù)量建議控制在500-1000左右，數(shù)量太少可能會由于關(guān)系少，連不成網(wǎng)絡(luò)圖，數(shù)量太多網(wǎng)絡(luò)圖會太大，不便于后續(xù)挑選。 挑選：根據(jù)網(wǎng)絡(luò)圖中點(diǎn)的面積大小來挑選基因，點(diǎn)的面積越大，說明基因在網(wǎng)絡(luò)中越重要，是網(wǎng)絡(luò)中的核心基因，可以挑選核心基因做后續(xù)的驗(yàn)證試驗(yàn)或進(jìn)一步分析，同時還可根據(jù)關(guān)注的基因來挑選，如上圖中PIK3CG，PLCB3是網(wǎng)絡(luò)中的核心基因。 四. PathwayRelationNetwork： 基于KEGG數(shù)據(jù)庫中信號通路的上下游關(guān)系，構(gòu)建研究的pathway之間的相互作用關(guān)系網(wǎng)絡(luò)圖，結(jié)果樣式如下圖： ![\"如何查看基因或lncRNA網(wǎng)絡(luò)圖的結(jié)果-3\"](\"https://muchongimg.xmcimg.com/data/bcs/2015/1012/bw171h3776939_1444644701_102.png#opennewwindow\") 點(diǎn)：圖中每個圓點(diǎn)代表一個pathway的名稱。 顏色：對于兩分組（例如實(shí)驗(yàn)組和對照組），紅色的點(diǎn)為上調(diào)差異基因參與的顯著性信號通路，藍(lán)色為下調(diào)差異基因參與的顯著性信號通路，黃色為上調(diào)和下調(diào)差異基因都參與的顯著性信號通路， 對于多分組（例如 組1，組2，組3），由于差異基因不分上、下調(diào)，所以紫色的點(diǎn)為差異基因參與的顯著性信號通路。 連線：用帶箭頭的實(shí)線表示兩個信號通路之間的上下游關(guān)系，箭頭起始端為上游的信號通路，箭頭指向端為下游的信號通路，圖中我們可以找到最上游的信號通路和下游的效應(yīng)信號通路。 數(shù)量：一般顯著性信號通路數(shù)量建議控制在20-100個左右，數(shù)量太少可能會由于信號通路的上下游關(guān)系太少連不成網(wǎng)絡(luò)圖，數(shù)量太多網(wǎng)絡(luò)圖太大，不便于后續(xù)挑選。 挑選：根據(jù)圖中點(diǎn)的大小，找到網(wǎng)絡(luò)中有相互作用關(guān)系數(shù)量最多的信號通路，點(diǎn)越大代表與之有上下游作用關(guān)系的信號通路數(shù)量越多，在網(wǎng)絡(luò)中越重要，另外，還可根據(jù)關(guān)注的信號通路或關(guān)注的基因所參與的信號通路來挑選。 五. miRNAGeneNetwork 基于miRNA與基因的靶向關(guān)系構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖，結(jié)果樣式如下圖： ![\"如何查看基因或lncRNA網(wǎng)絡(luò)圖的結(jié)果-4\"](\"https://muchongimg.xmcimg.com/data/bcs/2015/1012/bw104h3776939_1444644702_829.png#opennewwindow\") 點(diǎn)：圖中每個圓點(diǎn)代表一個基因，每個圓角矩形代表miRNA。 顏色：對于兩分組（例如實(shí)驗(yàn)組和對照組），紅色圓點(diǎn)/圓角矩形為上調(diào)基因/miRNA，藍(lán)色為下調(diào)， 對于多分組（例如 組1，組2，組3），由于差異基因/差異miRNA不分上、下調(diào)，所以用紫色的點(diǎn)代表差異基因/miRNA。 數(shù)量：一般miRNA數(shù)量建議控制在10-30個，miRNA數(shù)量太多，靶基因數(shù)量太多，網(wǎng)絡(luò)圖較大，miRNA數(shù)量太少，可挑選的miRNA數(shù)量太少 。 挑選：點(diǎn)的大小代表與之有相互作用關(guān)系的點(diǎn)的數(shù)量多少，miRNA點(diǎn)越大，代表調(diào)控的靶基因數(shù)量越多，對周圍基因的貢獻(xiàn)程度越大，推測其越重要，是網(wǎng)絡(luò)中核心的miRNA，基因點(diǎn)越大，對周圍miRNA的貢獻(xiàn)度越大，受到較多差異miRNA的靶向調(diào)控，推測其越重要，是網(wǎng)絡(luò)中核心的基因，這類核心miRNA和基因可作后續(xù)的驗(yàn)證試驗(yàn)或進(jìn)一步分析，同時還可根據(jù)關(guān)注的miRNA和基因來挑選。如上圖中hsa-miR-15a-5p，hsa-miR-148a-3p，hsa-miR-195-5p就是網(wǎng)絡(luò)中核心的miRNA，MARCH4，CHD7是核心的基因。 注：如果同時有miRNA和mRNA兩個層面的數(shù)據(jù)，建議將兩者的數(shù)據(jù)聯(lián)合分析，用miRNA的預(yù)測的靶基因與篩選得到的差異基因進(jìn)行交集或負(fù)相關(guān)處理，有助于提高分析結(jié)果的準(zhǔn)確性和可靠性。 六. miRNAGoNetwork 利用miRNA與基因的靶向關(guān)系以及基因參與的功能來構(gòu)建miRNA與功能之間的網(wǎng)絡(luò)圖，從而得到miRNA可能參與調(diào)控的功能網(wǎng)絡(luò)，結(jié)果樣式如下圖： ![\"如何查看基因或lncRNA網(wǎng)絡(luò)圖的結(jié)果-5\"](\"https://muchongimg.xmcimg.com/data/bcs/2015/1012/bw129h3776939_1444644806_802.png#opennewwindow\") 點(diǎn)：圖中每個圓點(diǎn)代表一個功能，圓角矩形代表miRNA。 顏色：對于兩分組（例如實(shí)驗(yàn)組和對照組），紅色圓點(diǎn)為上調(diào)miRNA，藍(lán)色為下調(diào)miRNA， 對于多分組（例如組1，組2，組3），由于差異miRNA不分上、下調(diào)，所以紫色為差異miRNA。 數(shù)量：一般miRNA數(shù)量建議控制在10-30個，miRNA數(shù)量越多，預(yù)測得到的靶基因數(shù)量越多，基因參與的功能就較多，網(wǎng)絡(luò)圖較大，不便于篩選，miRNA數(shù)量太少，可挑選的miRNA數(shù)量太少。 挑選：點(diǎn)的大小代表與之有相關(guān)聯(lián)的顯著性功能的數(shù)量多少，點(diǎn)越大，代表與之有相關(guān)聯(lián)的顯著性功能數(shù)量越多，推測其越重要，是網(wǎng)絡(luò)中核心的miRNA，可作為驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)對象以及進(jìn)一步的分析，同時還可根據(jù)關(guān)注的miRNA和功能來挑選。如上圖中hsa-miR-152a-3p，hsa-miR-206就是網(wǎng)絡(luò)中核心的miRNA。 GCBI學(xué)院第三節(jié)視頻有其他結(jié)果解讀：結(jié)果解讀 GCBI課堂第一季2-方案設(shè)計：方案設(shè)計 其他方法學(xué)說明：差異分析方法學(xué)說明 更多信息請到www.gcbi.com.cn的網(wǎng)站上查看。 說明：上述描述中有關(guān)數(shù)量的說明是根據(jù)我們以往項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)總結(jié)出來的經(jīng)驗(yàn)值，控制在這樣的范圍內(nèi)網(wǎng)絡(luò)圖效果可能會比較好，但網(wǎng)絡(luò)圖分析還是與數(shù)據(jù)本身是相關(guān)的。 由于不能確定圖片是否能正常顯示，所以附件中重新上傳了一次 |
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2樓2015-10-13 10:48:28
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