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hxswdl至尊木蟲 (文壇精英)
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[交流]
真菌基因組完成圖的組裝--文獻分享 已有1人參與
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一、大量一代及二代數(shù)據(jù)組合組裝 題目：The completed genome sequence of the pathogenic ascomycete fungus Fusarium graminearum 鏈接：http://www.biomedcentral.com/1471-2164/16/544 二、基于PacBio 與 光學圖譜 題目:Single-Molecule Real-Time Sequencing Combined with Optical Mapping Yields Completely Finished Fungal Genome 鏈接：http://mbio.asm.org/content/6/4/e00936-15.abstract 物種： Verticillium dahliae 如果對真菌基因組完成圖組裝感興趣的可以看看這兩篇，第一篇工作有點類似于第一個大腸桿菌基因組完成圖（K12菌株MG1655）的組裝，工作量太大，測序、組裝方法可參考性比較低；第二篇文章走了一些彎路，但是后來換了測序組裝策略，得到完成圖，方法很有參考價值。而且作者用的是P4-C2及P5-C3的數(shù)據(jù)，平均讀長分別是6.8kb與8.3kb，而現(xiàn)在的P6-C4試劑平均讀長一般能達到15kb，除了現(xiàn)在平均讀長有提升外，數(shù)據(jù)產(chǎn)出也有大幅度提高，文章中14個cells共6Gb，而現(xiàn)在的PacBio RSII 一般不出問題，一個cell產(chǎn)出是800M-1Gb的數(shù)據(jù)。所以，PacBio在真菌基因組組裝中的應(yīng)用前景還是非常廣泛的。 我讀的文獻太少，如果有其他真菌基因組完成圖的文章，還希望不吝指出，謝謝~  |
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2樓2015-11-17 16:57:13
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