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zhxixik鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[求助]
MS里建盒子，build layers問題 已有1人參與
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初學(xué)MS，構(gòu)建一個200個水分子，5個表面活性劑分子，10個油分子的體系。分別建立盒子后，用buil layer命令進行組合。然后進行動力學(xué)計算�，F(xiàn)在碰到這樣幾個困惑。 （1）三個盒子，如果初始結(jié)構(gòu)在display style里的lattice選項里選擇default，則用build layer將三個盒子組合后，盒子密度很小，而且盒子長度并非上述三個盒子的加和見圖1； （2）三個盒子，如果初始結(jié)構(gòu)在display style里的lattice選項里選擇in cell，則用build layer將三個盒子組合后，盒子長度為上述三個盒子的加和，但是會出現(xiàn)斷鍵和游離的原子。我大概理解因為這是周期性盒子的原因?qū)е碌�，但是�?jīng)過動力學(xué)計算后，在分析時，比如要分析水的濃度分布，則應(yīng)該把盒子中的水分子全部選擇為一個set，但是因為這些由于切斷而游離的原子，比如圖2中的單個氫原子，應(yīng)該怎么處理？ （3）還想再求助一下，像圖4里的這種五個layer的界面結(jié)構(gòu)，如何用build layer來建盒子? MS新手，請指教，不勝感激。 1.png 2.png 3.png 4.png |
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2樓2015-10-26 20:46:24
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1.我認(rèn)為在最初始的三個模型，AC建模的時候，需要確保密度設(shè)定的正確；在build layer有個layer details選項，里面可以調(diào)節(jié)距離 2.在分析濃度分布時，MS計算的體積應(yīng)該是盒子的體積，也就是說只有盒子里面的才可以作為分析的set，所以依舊是我認(rèn)為，盒子外因為PBC而“游離”的原子就不用設(shè)定為set |
3樓2015-11-05 16:43:24
jiezhou5322
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4樓2015-12-13 12:29:28
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5樓2015-12-14 08:22:56
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