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dong_chen新蟲 (正式寫手)
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[求助]
cif文件用MS和diamond分別打開成鍵不一致 已有1人參與
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| 小弟最近拿到一個(gè)MOFs 結(jié)構(gòu)的cif文件，可是用MS和diamond兩個(gè)軟件打開后發(fā)現(xiàn)中心金屬原子Ba的配位方式不一致，其在MS中是11配位，而diamond中顯示是5配位，這該如何是好啊？解析晶體的人說(shuō)沒有A類B類錯(cuò)誤cif應(yīng)該是正確的，而且他用MS解出來(lái)也是11配位的，是需要我自己在diamond中調(diào)節(jié)什么參數(shù)嗎？第一次遇到這種情況，希望各位大神幫助。 |
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jackdeng
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3樓2015-10-26 09:59:44
dong_chen
新蟲 (正式寫手)
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dong_chen: 回帖置頂 2015-10-25 21:16:47
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我自己設(shè)置好了。問(wèn)題的本身是由于MS和diamond中對(duì)于配位鍵長(zhǎng)的定義不同造成的，解決如下： 首先通過(guò)mercury量出缺失的配位鍵鍵長(zhǎng)，當(dāng)然MS應(yīng)該也能只是我一直用mercury； 然后在diamond中的connectivity選項(xiàng)中改變要連接的兩個(gè)原子之間的距離，選擇correct now，刪除之前的所有原子，重新get molecule. 此時(shí)可以找到缺失的配位鍵。 |
2樓2015-10-25 21:16:20
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