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紅外測蛋白質二級結構含量譜圖分峰的一些疑問 已有2人參與
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我是按論壇上一個教程（見附件）用peakfit操作的，但是有不少疑問 第一，應該如何確定子峰的數(shù)量呢？看了些帖子好像是用二階導數(shù)譜來確定，我先去基線，平滑，再點擊autofit peaks II second derivative，出來幾個峰，就分為幾個峰，這樣對嗎？ 第二，教程上是點擊autofit peaks I residuals，再按左下角按鈕連續(xù)擬合，但我看了論壇的一些帖子，好像要在擬合前去卷積，我在去基線，平滑后點擊Deconvolve Gaussian IRF，結果基線又偏了，1600和1700cm-1的吸光度變成不在一個水平上（見圖） 如果點擊autofit peaks III deconvolve，只分出來3個峰，應該手動添加到8個峰再擬合嗎（剛才二階導數(shù)出來8個峰）？解卷積到底指Deconvolve Gaussian IRF還是autofit peaks III deconvolve呢？應該如何操作呢？ 第三，假設擬合結果如下， Peak Type Anlytc Area % Area Int Area % Area Centroid Moment2 1 Gauss Amp 2.86879875 9.20886981 2.84783555 9.16604874 1618.16180 47.7334086 2 Gauss Amp 5.25231552 16.8599801 5.25226973 16.9049650 1631.15830 50.2478218 3 Gauss Amp 6.49224137 20.8401532 6.49224137 20.8959400 1643.68294 50.2563044 4 Gauss Amp 6.81530055 21.8771761 6.81530054 21.9357389 1656.45800 50.2563040 5 Gauss Amp 5.69895628 18.2937009 5.69886173 18.3423668 1669.63916 50.2411853 6 Gauss Amp 4.02494820 12.9201199 3.96288238 12.7549405 1683.47738 45.9044148 Total 31.1525607 100.000000 31.0693913 100.000000 計算二級結構含量的方法是不是根據：1610～1640cm-1 為β-折疊；1640～1650cm-1 為無規(guī)則卷曲；1650～1660cm-1 為α-螺旋；1660～1700cm-1 為β-轉角，得出peak1,2屬于β-折疊，peak3屬于無規(guī)則卷曲，peak4屬于α-螺旋，peak5,6屬于β-轉角，再把對應的% Area加起來，得出β-折疊，無規(guī)則卷曲，α-螺旋，β-轉角的含量，應該根據anlytc area還是int area 計算呢？ 求解惑，感激不盡，如完美解答，金幣還會追加 1.png |
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2015-10-25 22:59:02, 407.5 K
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