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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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金蟲 (著名寫手)

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[求助] 怎樣求總徑向分布函數(shù) 已有1人參與

各位大俠！
液體的總徑向分布函數(shù)和各離子對(duì)的偏徑向分布函數(shù)是什么關(guān)系！
怎樣求出總徑向分布函數(shù)？

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1樓 2015-10-28 12:46:25

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abinitio

版主 (著名寫手)

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

其實(shí)木蟲上有許多代碼，搜索一下即可

比如：by @chuntao118
原貼
關(guān)于徑向分布函數(shù)RDFs的代碼(求指正)！ - 分子模擬 - 小木蟲論壇 - 學(xué)術(shù)科研第一站
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=8813127&fpage=1&target=blank

CODE:

我把寫的C代碼（源自于《the art of MD）附上，自己參考一下，

void EvalRdf ()

{

        VecR dr;

        real deltaR, normFac, rr;

        int j1, j2, n;

        if (countRdf == 0)

        {

                for (n = 0; n < sizeHistRdf; n ++) 

                {

                        histRdf[n] = 0.;

                }

        }

        deltaR = rangeRdf / sizeHistRdf;

        for (j1 = 0; j1 < nMol - 1; j1 ++)

        {

                for (j2 = j1 + 1; j2 < nMol; j2 ++)

                {

                        VSub (dr, mol[j1].r, mol[j2].r);

                        VWrapAll (dr);

                        rr = VLenSq (dr);

                        if (rr < Sqr (rangeRdf))

                        {

                                n = sqrt (rr) / deltaR;

                                ++ histRdf[n];

                        }

                }

        }

        ++ countRdf;

        if (countRdf == limitRdf)

        {

                normFac = VProd (region) / (2. * M_PI * Cube (deltaR) * Sqr (nMol) * countRdf);

                for (n = 0; n < sizeHistRdf; n ++)

                {

                        histRdf[n] *= normFac / Sqr (n - 0.5);

                }

                PrintRdf (stdout);

                countRdf = 0;

        }

}

fortan的一些結(jié)構(gòu)寫法我不太明白。你自己對(duì)照改一下就行了，算法都一樣。

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回復(fù)此樓

2樓2015-10-29 08:34:54