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有關(guān)microRNA的問題
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| 各位大神知道怎么在targetscan上如何預(yù)測某一個microRNA的靶基因？步驟越詳細(xì)越好，謝謝各位了。 |
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現(xiàn)在的TargetScan程序可以主要分三部分組成： ①主要思想是說在multiple alignment file 上尋找保守的seed match 序列可以找到functional miRNA target. 參考文獻(xiàn)：Conserved Seed Pairing, Often Flanked by Adenosines, Indicates that Thousands of Human Genes are MicroRNA Targets seed match: reverse complimentary to miRNA Seed region, 2-7nt in miRNA 5' end, TargetScan 用multiple alignment file作為input, 尋找保守的seed match 序列, 主要考慮三種seed match的類型：7mer-1a（match seed, 而且UTR上與miRNA 1nt match的位置是A）,7mer-m8（match miRNA 2-8nt）, 8mer(match miRNA 2-8, 而且UTR上與miRNA 1nt match的位置是A). ②很多1.找到的target不一定會有功能，而且有很多不保守的seed match區(qū)域找到了一些有功能的miRNA target site. TargetScan根據(jù)這個想法，提出seed match周圍的序列會對miRNA target的功能產(chǎn)生影響，所以引入了context score這個概念，主要包括site type contribution(8mer>7mer-m8>7mer-1a),3'paring contribution (有文獻(xiàn)報道除了與miRNA seed 區(qū)域配對，與miRNA12-16nt的配對也有可能對miRNA target的功能產(chǎn)生影響),local AU contribution(AU rich 的區(qū)域更有可能有功能)，position contribution(他們認(rèn)為miRNA target的位置需要和stop coden至少有15nt的距離，而且有功能的site更有可能位于UTR的兩端而不是中間，可能是因?yàn)檩^長UTR的中間區(qū)域有可能會形成較復(fù)雜的二級結(jié)構(gòu)，影響target site accessibility, 從而影響其功能).具體cutoff參考： MicroRNA Targeting Specificity in Mammals: Determinants beyond Seed Pairing，考慮context以后，對于很多不保守的seed match region,同樣可以計算相應(yīng)的context score, 對保守和不保守的位點(diǎn)分別進(jìn)行context的排序，排名靠前的(比如context score percentile > 90)是他們認(rèn)為比較有可能具有功能的miRNA靶點(diǎn) ③Pct值的引入，參考文獻(xiàn)：Most Mammalian mRNAs Are Conserved Targets of MicroRNAs。 主要是細(xì)化了保守型的計算，對不同的UTR分別計算其保守性 總體上說 感覺你的預(yù)測出的結(jié)果是個比較有可能的靶點(diǎn)， 但關(guān)預(yù)測沒法保證你這個位點(diǎn)的功能， 最終還是需要實(shí)驗(yàn)的驗(yàn)證 |
2樓2015-10-28 20:15:47
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3樓2015-10-28 20:19:15
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