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屁桃粉新蟲 (小有名氣)
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[求助]
急！急！急！用Gromacs時(shí)在賦力場這步出現(xiàn)了錯(cuò)誤，不知道該怎么解決？ 已有1人參與
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我在用Gromacs時(shí)，使用program pdb2gmx準(zhǔn)備給酶賦上charmm27的力場，卻這出現(xiàn)了錯(cuò)誤，錯(cuò)誤的信息截圖附在后面。 由于我的酶是人工帶上一個(gè)銅離子，可能Gromacs不能給附加離子的酶賦力場，那么請(qǐng)問在加入離子那步該怎么輸入命令，才能把額外的銅離子給添加進(jìn)去？ 錯(cuò)誤信息.png 查看UNK位置.png |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
屁桃粉: 金幣+20, ★★★很有幫助 2015-11-04 10:35:02
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
屁桃粉: 金幣+20, ★★★很有幫助 2015-11-04 10:35:02
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你說得沒錯(cuò)，是銅離子的緣故！因?yàn)槿鄙巽~離子拓?fù)湮募�，所以�?bào)錯(cuò)！至于怎么加，就是要寫一個(gè)銅離子的拓?fù)湮募Ｄ阏业姐~離子的相關(guān)參數(shù)，寫一個(gè)銅離子的itp文件，然后引入到蛋白top文件中，當(dāng)然你也可以直接在蛋白top文件中寫入。參數(shù)你可以選用gaff立場參數(shù)。你也可以用量力化學(xué)計(jì)算得到，或者找文獻(xiàn)。至于怎么寫top文件，最簡單的方法是，你按照gromacs教程下的protein-ligand systems 下的第二個(gè)教程，enzyme complex solvation 的方法。雖然他是鈣離子，你是銅離子，你先按照鈣離子的方法生存top文件，然后將鈣離子的參數(shù)替換為銅就可以�；蛘吣惆雁~離子看成一個(gè)配體，按照一個(gè)小分子的方法處理它即可。 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
2樓2015-11-03 21:17:07
屁桃粉
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 1564.7
- 帖子: 120
- 在線: 31.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 3401579
- 注冊(cè): 2014-09-06
- 專業(yè): 遺傳學(xué)與生物信息學(xué)
3樓2015-11-04 10:36:12
4樓2015-11-04 16:03:47
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