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繁星寥落木蟲 (正式寫手)
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[求助]
旋轉(zhuǎn)能厽計(jì)算 已有1人參與
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小女子初學(xué)高斯，最近在研究勢(shì)能面的掃描，但是由于基礎(chǔ)薄弱，有很多問題，特來請(qǐng)教。我現(xiàn)在做的是一個(gè)異丁胺（圖13，見附件）的二面角的一個(gè)360度旋轉(zhuǎn)的柔性掃描，掃描的是二面角2158，另C8旋轉(zhuǎn)。計(jì)算預(yù)期得到的目標(biāo)圖形見附件圖14。問題1：由于使用的cif文件中的原子坐標(biāo)在gaussian中轉(zhuǎn)成內(nèi)坐標(biāo)后，圖11中的上半部分原子坐標(biāo)及角度二面角等可以看懂，但是下半部分也就是圖12中的這些代表什么意思，不懂，是不是scan 的時(shí)候不用修改這些？ 問題2：scan 設(shè)置（D -55.847 S 180 2.0）是否正確？ 用windows 版本算2步都需要很長時(shí)間，是不是哪里設(shè)置有誤？ 問題3：在linux中怎么修改輸入文件，如何設(shè)置？ 請(qǐng)各位計(jì)算大牛伸出援手不吝賜教，小女子恭候佳音，感激不盡！ |
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2015-11-07 23:47:10, 45.69 K
2015-11-07 23:52:08, 42.33 K
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2樓2015-11-08 10:01:07
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【答案】應(yīng)助回帖
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問題1,12中的數(shù)據(jù)沒什么大的用處，你改或者刪掉都可以。 問題2，設(shè)置可能有點(diǎn)問題。在gaussian view中設(shè)置scan-relaxed(Z-matrix),并且在存儲(chǔ)輸入文件的時(shí)候，把write cartesian的√去掉。就可以你生成想要的坐標(biāo)，然后在想要改變的二面角后面加上360 -2.0等等，這個(gè)看你自己的想法。 問題3，windows不一定慢，主要是看你的電腦運(yùn)行內(nèi)存和CPU，想換到linux下計(jì)算有些想要轉(zhuǎn)化一下，有些不轉(zhuǎn)化也可以算。 |
3樓2015-11-09 10:16:39
繁星寥落
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4樓2015-11-09 22:13:53
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5樓2015-11-10 19:23:38
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