 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1342 | 回復(fù): 7 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
benniu2004新蟲 (小有名氣)
|
[求助]
amber 教程3.5中，無法生成復(fù)合體的參數(shù)文件 已有1人參與
|
|
|
在amber的教程3.5中，http://ambermd.org/tutorials/adv ... script/section5.htm， 下載了復(fù)合體的pdb文件Estrogen_Receptor-Raloxifene.pdb，然后拆出蛋白和小分子兩個(gè)部分。在生成.inpcrd時(shí)，蛋白和小分子兩部分都沒有問題，但是在生成復(fù)合體的參數(shù)文件時(shí)總是報(bào)錯(cuò)： FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<O16 19> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C17 20> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C22 21> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C21 22> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C18 23> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C19 24> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C20 25> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<O23 26> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C24 27> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C25 28> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<N26 29> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C27 30> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C28 31> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C29 32> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C30 33> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<C31 34> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<H1 35> does not have a type. FATAL: Atom .R<RAL 241>.A<H2 36> does not have a type. 有沒有知道問題原因的蟲友？望不吝賜教  我用的tleap輸入文件是： source /root/amber14/dat/leap/cmd/oldff/leaprc.ff99SB source leaprc.gaff com = loadpdb Estrogen_Receptor-Ral.pdb pro = loadpdb receptor.pdb RAL = loadmol2 RAL.mol2 loadamberparams RAL.frcmod set default PBRadii mbondi2 saveamberparm com complex.prmtop complex.inpcrd saveamberparm pro receptor.prmtop receptor.inpcrd saveamberparm RAL ligand.prmtop ligand.inpcrd charge com addions com Na+ 7 solvatebox com TIP3PBOX 12.0 saveamberparm com complex_solvated.prmtop complex_solvated.inpcrd quit 多謝了！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
【求調(diào)劑】新能源材料本科，一志愿211，初試321
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料考研調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
英一數(shù)一408，總分284，二戰(zhàn)真誠求調(diào)劑
已經(jīng)有14人回復(fù)
-
085410 一志愿211 22408分?jǐn)?shù)359求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
271求調(diào)劑
已經(jīng)有19人回復(fù)
-
385分 生物學(xué)（071000）求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿安徽大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)學(xué)碩，331分求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
318求調(diào)劑，計(jì)算材料方向
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
291求調(diào)劑
已經(jīng)有25人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
3樓2015-11-13 21:35:03
hdx1991
新蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 15423.3
- 散金: 1277
- 紅花: 9
- 沙發(fā): 5
- 帖子: 2782
- 在線: 216.7小時(shí)
- 蟲號(hào): 4093952
- 注冊(cè): 2015-09-22
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和
2樓2015-11-13 12:16:20
JHzhu
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 35
- 帖子: 1
- 在線: 56分鐘
- 蟲號(hào): 4190276
- 注冊(cè): 2015-11-02
- 專業(yè): 理論環(huán)境化學(xué)
4樓2015-11-14 17:16:08
qianxiong
銅蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 14 (小學(xué)生)
- 金幣: 1882.2
- 紅花: 3
- 帖子: 75
- 在線: 110.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 1641543
- 注冊(cè): 2012-02-25
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
5樓2015-11-14 20:24:25
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿北京科技，085601總分305求調(diào)劑 +9 | 半生瓜！ 2026-04-01 | 10/500 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考博] 26年申博 +3 | staryer 2026-03-30 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0856，269分求調(diào)劑 +8 | 有學(xué)上就行求求?/a> 2026-03-30 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 安全工程 285 求調(diào)劑 +3 | Xinyu56 2026-04-01 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 805600專碩材料與化工348分求調(diào)劑 +4 | 上學(xué)啦！ 2026-04-01 | 4/200 |
|
|
[考研] 085601材料工程找調(diào)劑 +20 | oatmealR 2026-03-29 | 21/1050 |
|
|
|
[考研]
 重慶大學(xué)材料與化工085600，初試370+，求求調(diào)劑建議
+3
|
shzhou_ 2026-04-01 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿鄭大材料工程290求調(diào)劑 +18 | Youth_ 2026-03-30 | 18/900 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +3 | 迷蒙木木 2026-04-01 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085602 307分 求調(diào)劑 +10 | 不知道叫什么！ 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 315求調(diào)劑 +6 | akie... 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 085601 329分調(diào)劑 +6 | yzsa12 2026-03-31 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 272求調(diào)劑，接受跨專業(yè)調(diào)劑！ +3 | 閑魚盧 2026-03-31 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +6 | xiao愛同學(xué) 2026-03-30 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑 +6 | 丹青奶蓋 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 342求調(diào)劑 +4 | 加油a李zs 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 070305高分子化學(xué)與物理 304分求調(diào)劑 +12 | c297914 2026-03-28 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 279求調(diào)劑 +4 | 蝶舞輕繞 2026-03-29 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 070300化學(xué)求調(diào)劑 +4 | 起個(gè)名咋這么難 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 341求調(diào)劑 +7 | 青檸檬1 2026-03-26 | 7/350 |
|