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水沫_幻影新蟲 (初入文壇)
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[求助]
如何分析確定基因是否有全長(zhǎng)編碼區(qū) 已有1人參與
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之前師姐對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序得到的結(jié)果，老師今天給了我一部分未知的基因，然后把它們從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中調(diào)出來(lái)，然后分析它們哪些有全長(zhǎng)編碼區(qū)，可是我不會(huì)啊，有沒(méi)有大神幫忙啊 教我一下怎么確定分析基因是否有全長(zhǎng)編碼區(qū) 拜托了  老師給的數(shù)據(jù)類型如圖所示 1 |
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水沫_幻影
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2樓2015-11-14 00:52:26
小駱駝321
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
| 我只是試著回答一下……還請(qǐng)大神指正。我覺(jué)得你需要弄明白這個(gè)gene id是怎么來(lái)的，若是根據(jù)一個(gè)已有的注釋文件得到的，從其中需要把序列調(diào)出來(lái)，然后相應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)一下，剩下的就是生物學(xué)基礎(chǔ)知識(shí)判斷了，前提是物種基因組已經(jīng)測(cè)序完成，若是沒(méi)有完成，就要根據(jù)其中的一個(gè)reads設(shè)計(jì)引物做RACE等等了。 |
3樓2015-11-14 17:30:11
水沫_幻影
新蟲 (初入文壇)
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這都是華大測(cè)序返回來(lái)的，你看后面的blast是-沒(méi)有比對(duì)上的基因的，還有我沒(méi)怎么入門，看不太懂你說(shuō)的(>﹏<  發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2015-11-14 23:25:49
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