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[交流]
RASPA在centos6.4的編譯安裝 已有5人參與
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RASPA-2.0是今年美國(guó)西北大學(xué)教授Randall Q. Snurr等人開(kāi)發(fā)的針對(duì)于MC，MD，分子力學(xué)優(yōu)化等用途的程序，相比于之前開(kāi)發(fā)的MUSIC軟件，RASPA的功能更加齊全，操作更加簡(jiǎn)便，可以在MC的吸附過(guò)程中考慮骨架的柔性，也可以想MUSIC一樣先制作積分格點(diǎn)（music中的map）。 之前l(fā)mylmy在本版寫了RASPA2.0編譯安裝簡(jiǎn)易流程http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=9443327&fpage=1&target=blank 是在RHEL上做的，我這里做一個(gè)centos版的補(bǔ)全版 （1）、安裝之前要檢查一下是否裝了automake, autoconf, m4, libtool這些包， 用which命令一一查看如： [cw@BioMaterial ~]$ which automake /usr/bin/automake 如果某些包沒(méi)有裝，有兩種方法，一種是rpm包安裝；另一種是解壓從網(wǎng)上下載的tar.gz包。前者更方便，但是學(xué)校的服務(wù)器大多數(shù)不能連接外網(wǎng)所以無(wú)法從yum獲取rpm包，這時(shí)可以去找一個(gè)該linux系統(tǒng)的鏡像文件解壓之后會(huì)有一個(gè)Packages文件夾找到這些安裝包如 automake-1.11.1-4.el6.noarch.rpm 然后安裝他們用rpm -ivh automake-1.11.1-4.el6.noarch.rpm命令，所有的這些包安裝好之后特意用which檢查一下，特別要注意的是要檢查aclocal和libtool的安裝位置必須一樣，要不然安裝時(shí)會(huì)報(bào)錯(cuò)，如： [cw@BioMaterial ~]$ which aclocal /usr/bin/aclocal [cw@BioMaterial ~]$ which libtool /usr/bin/libtool 除此之外還可以安裝fftw，lapack等庫(kù)文件用于加速計(jì)算，不轉(zhuǎn)亦可運(yùn)行，詳細(xì)安裝請(qǐng)參看lmylmy的帖子 （2）、安裝RASPA 此處按照manual, 過(guò)程就可以了 1. rm -rf autom4te.cache 2. mkdir m4 3. aclocal 4. autoreconf -i #如果aclocal和libtool安裝的位置不一樣，此處會(huì)報(bào)錯(cuò)# 5. automake --add-missing 6. autoconf 7. ./configure --prefix=${RASPA_DIR} or ./scripts/CompileScript/make-gcc-local #可以將${RASPA_DIR}替換為想要安裝的文件夾路徑此處我將其安裝在/data/cw/simulations文件下，最好不要指定到解壓文件夾# 8. make 9. make install 安裝完成之后可以去查看一下cd /data/cw/simulation [cw@BioMaterial simulation]$ ls bin lib share 這是我們可以看到三個(gè)文件夾 bin #放置可執(zhí)行文件# lib #放置運(yùn)行所需庫(kù)文件# share #最重要的，這是放置運(yùn)行所需的力場(chǎng)參數(shù)forcefield，柔性骨架結(jié)構(gòu)framework，吸附質(zhì)分子參數(shù)molecules, 吸附劑結(jié)構(gòu)structures(cif文件格式)等信息，這些都在share下的raspa文件夾下的四個(gè)文件夾內(nèi)，如果之后做計(jì)算要事先產(chǎn)生格點(diǎn)文件，也會(huì)自動(dòng)地產(chǎn)生grids的文件夾用于放置格點(diǎn)文件# （3）運(yùn)行RASPA 在解壓文件夾RASPA-2.0下進(jìn)入examples文件夾，測(cè)試一下簡(jiǎn)單的任務(wù)，進(jìn)入Basic然后做一下MFI吸附甲烷的測(cè)試，進(jìn)入Adsorption_of_Methane_in_MFI文件夾，會(huì)有一個(gè)run的腳本文件，如果之前另外指定了安裝路徑的就改為 #! /bin/sh -f export RASPA_DIR=/data/cw/simulation/ #之前指定的路徑# $RASPA_DIR/bin/simulate $1 然后運(yùn)行./run& 就OK！ 整個(gè)安裝測(cè)試徹底完成 |
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| 好 ！ |
2樓2015-11-16 21:54:04
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本帖內(nèi)容被屏蔽 |
3樓2015-11-17 00:31:28
calebby
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4樓2015-11-21 16:42:14
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manoozoro
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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剛裝好的raspa，對(duì)Adsorption_of_Methane_in_MFI中的run文件修改之后./run&之后出現(xiàn)如下問(wèn)題 'pseudo_atoms.def' file not found and therefore not used _cell_length_a: 20.022000 _cell_length_b: 19.899000 _cell_length_c: 13.383000 _cell_length_alpha: 90.000000 _cell_length_beta: 90.000000 _cell_length_gamma: 90.000000 _symmetry_space_group_name_Hall: -P 2ac 2n found space group: 292 _symmetry_space_group_name_H-M: P n m a found space group: 292 _symmetry_Int_Tables_number: 292 space group found from symmetry elements: 292 (nr elements: 8) End reading cif-file 'force_field_mixing_rules.def' file not found and therefore not used 'force_field.def' file not found and therefore not used ReturnPseudoAtomNumber: Error!!!! :CH4_sp3 這三個(gè)文件找不到怎么解 |
6樓2016-04-24 15:05:16
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'pseudo_atoms.def' file not found and therefore not used 說(shuō)明沒(méi)有找到描述原子性質(zhì)的文件， 'force_field_mixing_rules.def' 和'force_field.def‘ 沒(méi)有找到，說(shuō)明沒(méi)辦法描述力場(chǎng)參數(shù)（實(shí)際上只要一個(gè)就可以） 所以總的來(lái)看，應(yīng)該是你的simulation.input寫的有問(wèn)題，沒(méi)有找到相關(guān)力場(chǎng)下的描述文件，你應(yīng)該去到安裝目錄里去核對(duì)一下相關(guān)路徑。 |
7樓2016-04-24 19:37:55
dragon5061
至尊木蟲 (正式寫手)
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