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引物設(shè)計的問題 已有2人參與
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本人RTPCR新手。以鴿子為試驗對象，想把GnIH基因中間片段跑出來，參照鵪鶉的GnIH來設(shè)計引物，但是設(shè)計了很多的引物PCR了之后條帶都不明顯要么直接沒有條帶，哪位大神幫忙設(shè)計引物看看啊。。 （附鵪鶉的GnIH CDS序列） 1 agagatcctg agcttcctaa ctgagcttca tttgagagaa atggaaatca tttcaaccca 61 gaagtttatt cttcttactt tggctacagt ggcgtttcta acaccgcatg gtgcgtgcct 121 agatgaacta atgaaatcca gcctggaaag cagagaagat gatgatgata aatattatga 181 gactaaagac agtatcttgg aggaaaagca gaggagtctg aattttgaag aaatgaaaga 241 ctggggatca aaaaatttca tgaaagtgaa cacccctaca gtaaacaaag tgccaaattc 301 agttgctaat ttgcctctta gatttggaag aagcaatcca gaagaaagaa gcattaagcc 361 aagtgcttat ttgcctctga gatttggaag agcttttgga gagagcctct ctaggcgtgc 421 tccaaatcta tcaaacaggt ctgggagatc tccacttgct agaagttcta ttcagtccct 481 tctaaatctg tcacagagat ttgggaagtc agtgcccatc agtctatctc aaggtgtcca 541 ggaatctgaa ccagggatgt gaattctaac aattacattc aagttatcaa gttatgaaga 601 tggaaaccga aagacccaga aaagatgcac cgtgtattca aaactaaaga tcttgagaag 661 ggaatgtata tgagaactga aatgcaaacc tgtgtcatgt tattattata atgtgtgtat 721 tctgcacaaa caattgatgc ataaggcaat gataactgta gtgaatgtcc agtttacttc 781 agtggtgggt gtagcacaaa ctctatttac ttttgtgtga cttcctgtcg actgatatct 841 tgttggatgt aaaaactaat ttaaaaacaa tagctgtaga aatgagagca ttttaagcaa 901 atttaaatga aacatccgta gtacaaataa agaagcatga tacaaac |
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其實題主你按鵪鶉的基因去擴增鴿子這方法不一定能成功，因為它們之間基因雖然有同源性，但不一定是100%，你設(shè)計引物很有可能在鴿子上就沒有這個引物結(jié)合位點。 建議：1、你把鴿子屬內(nèi)的GnIH都下載下來，設(shè)計簡并引物看下。2、不做簡并引物，那你在鵪鶉GnIH多設(shè)計些引物。我以前拿別的種一段基因去設(shè)計引物，兩對引物擴增得到是不一樣的片段，本來它們之間應該一段完全重合的序列，但是卻沒有。它們是兩條不同的基因，但有一定同源性。所以拿別的物種去設(shè)計引物，不能認為這基因100%和你的物種是一致的，但是你可以多設(shè)計幾條，碰運氣說不定拿到一段基因。 |
4樓2015-11-28 12:38:16
5樓2015-12-01 13:54:45
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