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shijunqin木蟲 (小有名氣)
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[求助]
msi2lmp導(dǎo)入MS模型進入lammps時出錯“bash: msi2lmp.exe: command not found”
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lammps新手求助 我按照以下【】里的方法進行操作的，可是到第二步的第4條終端執(zhí)行時，就出錯，只生成一個空的data.文件，并沒有.lammps05文件生成，提示錯誤 bash: msi2lmp.exe: command not found，如上傳圖片所示。我該如何做？請諸位大神指點啊 【一、編譯 直接在 ./lammps/tools/msi2lmp/src/文件下make就ok， 生成msi2lmp.exe執(zhí)行文件； 二、使用 1，直接把msi2lmp.exe拷貝到指定文件夾下（最好單獨一個）； 2，在ms中建立好結(jié)構(gòu)模型后，在ds模塊或者forcite模塊中指定力場類型，如對xxx結(jié)構(gòu)指定為cvff力場（這一塊看你需要，人工或自動指定），并根據(jù)你的需要刪除或者改變一些結(jié)構(gòu)信息（如刪除鍵長，改變某些原子的力場類型，在ms中比較容易實現(xiàn)）（這樣做的目的是為了少在lammps的data文件中做修改），export結(jié)構(gòu)保存為.car格式，同時自動有.mdf格式的文件生成（mdf文件中保存有對應(yīng)的力場參數(shù)信息，如上面的cvff力場）； 3，將xxx.car和xxx.mdf文件拷貝到msi2lmp.exe所在的文件夾，并將tools/msi2lmp/biosym_frc_files文件中對應(yīng)的力場文件拷貝到這個文件夾中（如上面的cvff.frc）（很多朋友在轉(zhuǎn)化過程中報錯找不到力場信息就是這個原因，沒有力場文件來解釋.mdf文件，lmp自帶的力場文件和ms中的力場文件一模一樣，所以這一步很關(guān)鍵，一定記住你在ms中給結(jié)構(gòu)指定力場時用的那種力場，在這就拷貝那種力場，我一般就用cvff，呵呵足夠了）； 4，在這個文件目錄下，通過終端命令行./msi2lmp.exe xxx -class I -frc cvff > data.xxx 運行程序，運行成功生成data.xxx文件和xxx.lammps05文件，data.xxx是空的可以直接刪除，數(shù)據(jù)在xxx.lammps05文件中。 5，在xxx.lammps05文件中修改力場參數(shù)（把自己的數(shù)據(jù)加進去），ok！】 123.jpg |
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