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yxqfzc新蟲 (小有名氣)
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[求助]
求問各位大神，怎么將兩條建好的蛋白鏈拼在一起形成異源二聚體��？？？ 已有1人參與
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我用modeller建了兩條蛋白鏈，但是現(xiàn)在遇到了問題，就是要怎么把兩條鏈拼在一起形成異源二聚體呢？在modeller腳本有看到 from modeller import * from modeller.automodel import * # Load the automodel class log.verbose() class MyModel(automodel): def special_patches(self, aln): # Rename both chains and renumber the residues in each self.rename_segments(segment_ids=['X', 'Y'], renumber_residues=[1, 1]) # Another way to label individual chains: self.chains[0].name = 'X' self.chains[1].name = 'Y' def special_restraints(self, aln): rsr = self.restraints at = self.atoms # Restrain the specified CB-CB distance to 8 angstroms (st. dev.=0.1) # Use a harmonic potential and X-Y distance group. # Note that because special_patches is called before special_restraints, # we must use the relabeled chain IDs and residue numbers here. rsr.add(forms.gaussian(group=physical.xy_distance, feature=features.distance(at[CB:40:Y], at['CB:71:Y']), mean=8.0, stdev=0.1)) 這個(gè)腳本中指明是Y鏈的兩個(gè)β碳原子，那兩條鏈之間的距離還是沒有說明，是吧？求各位大神指點(diǎn)迷津啊 |
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2樓2017-04-27 14:01:29
3樓2017-04-27 14:02:08
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