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ruoqiu.xiao鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
用DS對配體進行能量最小化，配體要不要預先加氫呢？
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從PDB里下載的配體sdf文件，是預先不加氫的(圖1)； 用DS2.5，對圖1不加氫狀態(tài)下的配體sdf文件進行能量最小化，結果產生多個構象(比如其中一個構象是圖2)，可以發(fā)現在能量最小化過程中，DS2.5對文件進行了自動加氫， 但是，在后續(xù)對接過程中，圖2中的氨基實際上須要求為+1價(圖3)； 如果在能量最小化之前，預先對sdf文件加氫為圖3離子化狀態(tài)，能量最小化后配體結構可能會出錯(試他配體時發(fā)現過)； 不預先加氫的話，我擔心得不到能量最低狀態(tài)； 求助各位大神，此種情況下該怎么辦，能量最小化之前要不要加氫   ？1.jpg 2.jpg 3.jpg |
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2樓2017-02-20 22:14:58
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