青春逍遙啊

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[求助] 求救，如何將xyz格式的文件轉(zhuǎn)化為可以讓lammps讀的data文件，求大神，感激不盡。已有2人參與

如題/

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1樓 2015-12-07 18:32:55

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bluewhale

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引用回帖:

7樓: Originally posted by 青春逍遙啊 at 2015-12-08 09:12:52
就是一個(gè)石墨烯的坐標(biāo)模型，都是c原子，。。。...

僅僅.xyz轉(zhuǎn)過去是不完整的（見下），還有bond, angle, dihedral的定義。
xyz2lmp.m
--------------
function xyz2lmp(f_xyz)
% This script converts .xyz file to lammps data file.
% Input:
% f_xyz: name of the input .xyz file.
% Example:
% xyz2lmp('PdAu.xyz')
% NOTE: The second line must be in specified format as:
% PdAu xlo xhi ylo yhi zlo zhi
% Poweed by Xianbao Duan
% Email: xianbao.d@gmail.com
% Website: http://www.52souji.net/

% open the .xyz file
fidin = fopen(f_xyz,'r');
if fidin == -1
error('Failed to open the file. Please check!');
end

% number of all the atoms
atom_num_a = fscanf(fidin,'%d');

% comment
comment = textscan(fidin,'%s %f %f %f %f %f %f',1);
xlo = comment{2};
xhi= comment{3};
ylo = comment{4};
yhi= comment{5};
zlo = comment{6};
zhi= comment{7};

% coordinates of the atoms
atoms = textscan(fidin,'%s %f %f %f',atom_num_a);
fclose(fidin);

% initialize
type_name = atoms{1}(1); % names of types
atom_num(1) = 1;          % atom number of each type

% sort the atoms according to their types
for i = 2: length(atoms{1})
flag = 0;
for j = 1:length(type_name)
      if strcmp(atoms{1}(i),type_name(j)) == 1
         atom_num(j) = atom_num(j) + 1;
         flag = 1;
         break;
      end
end
if flag == 0
      type_name(end+1) = atoms{1}(i);
      atom_num(end+1) = 1;
end
end
type_num = length(type_name);

% write the lammps file
outfilename = strrep(f_xyz,'.xyz','.lmp');
fidout = fopen(outfilename, 'w');
new_comment =  ['Converted from .xyz to .lmp @ ',datestr(now) ];
fprintf(fidout,'%s\n\n',new_comment);
fprintf(fidout,'%d \t %s\n',atom_num_a,'atoms');
fprintf(fidout,'%d \t %s\n',type_num,'atom types');
fprintf(fidout,'%f  %f \t%s\n',xlo,xhi,'xlo xhi');
fprintf(fidout,'%f  %f \t%s\n',ylo,yhi,'ylo yhi');
fprintf(fidout,'%f  %f \t%s\n\n',zlo,zhi,'zlo zhi');
fprintf(fidout,'%s\n\n','Atoms');
% the data
for i = 1:length(atoms{1})
for j = 1:type_num
      if strcmp(atoms{1}(i),type_name(j)) == 1
         fprintf(fidout,'%d \t %d \t %f \t %f \t %f \n',...
            i,j,atoms{2}(i),atoms{3}(i),atoms{4}(i));
         break;
      end
end
end
fclose(fidout);

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8樓2015-12-08 11:05:38

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luftf

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

首先要看你用lammps模擬什么材料，用的什么勢函數(shù)
data文件的結(jié)構(gòu)跟勢函數(shù)有關(guān)
不同勢函數(shù)用的data文件的結(jié)構(gòu)都不一樣
LAMMPS手冊里面有具體的說明

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2樓2015-12-07 20:16:28

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cyfjkf

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3樓2015-12-07 21:18:57

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bluewhale

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

有機(jī)分子,還是純金屬？

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4樓2015-12-07 23:34:49

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引用回帖:

2樓: Originally posted by luftf at 2015-12-07 20:16:28
首先要看你用lammps模擬什么材料，用的什么勢函數(shù)
data文件的結(jié)構(gòu)跟勢函數(shù)有關(guān)
不同勢函數(shù)用的data文件的結(jié)構(gòu)都不一樣
LAMMPS手冊里面有具體的說明

我現(xiàn)在是有一份石墨烯的xyz文件，我需要把它設(shè)置成為lammps能夠識別的data文件就可以了，。不知道應(yīng)該用什么辦法？

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5樓2015-12-08 09:10:26

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3樓: Originally posted by cyfjkf at 2015-12-07 21:18:57
用VMD軟件

應(yīng)該怎么做？有教程么？

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6樓2015-12-08 09:11:39

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引用回帖:

4樓: Originally posted by bluewhale at 2015-12-07 23:34:49
有機(jī)分子,還是純金屬？

就是一個(gè)石墨烯的坐標(biāo)模型，都是c原子，。。。

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7樓2015-12-08 09:12:52

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【答案】應(yīng)助回帖

為什么不自己建：

units metal
boundary       p p p
atom_style    molecular
lattice          custom 2.4595 a1 1  0  0  a2 0 1.73203 0  a3 0.0 0.0 10  basis 0 0 0  basis 0.5 0.16666666666666666 0 basis 0.5 0.5 0 basis 0 0.6666666666666666 0

region box    block 0 80 0 120 -0.5 0.5
create_box    1 box
create_atoms  1 box
region          coldest block INF INF 0 1.5 INF INF
region          hottest block INF INF 60 61.5 INF INF
mass          1 12

pair_style tersoff
pair_coeff * * SiC_1994.tersoff C

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9樓2015-12-08 13:56:58

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引用回帖:

9樓: Originally posted by bluewhale at 2015-12-08 13:56:58
為什么不自己建：

units metal
boundary       p p p
atom_style    molecular
lattice          custom 2.4595 a1 1  0  0  a2 0 1.73203 0  a3 0.0 0.0 10  basis 0 0 0  basis 0.5 0.166666666666666 ...

你這個(gè)in文件是lammps官網(wǎng)的那個(gè)例子吧？我現(xiàn)在就在研究這個(gè)in文件啊。我有很多疑問，如果你方便，可以加我q詳談么，287503735 很需要你的幫助，謝謝。

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回復(fù)此樓

10樓2015-12-08 23:44:37

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