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屁桃粉新蟲 (小有名氣)
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[求助]
哪位精通NCBI數(shù)據(jù)庫的大神可以進(jìn)來幫我看看這個(gè)基因嗎？ 已有2人參與
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前提：之前在PDB上找了一個(gè)來源于黑曲霉的α-淀粉酶基因，找生物公司全基因合成了。但是表達(dá)不出來，原因很有可能是基因的ORF區(qū)存在缺失。搞了一年，現(xiàn)在研三，迫不得已得換一個(gè)基因合成，同樣來源的α-淀粉酶。 1、小女找到了NCBI序號為xm_001393589.2和xm_001395291.2的α-淀粉酶，但是由于這兩種酶在NCBI上的說明都沒有顯示出自那篇參考文獻(xiàn)，顯示是概念性轉(zhuǎn)換的結(jié)果，所以很擔(dān)心如果在這兩條序列中任選一條合成（只合成CDS區(qū)），不知道是否能正常表達(dá)。 2、兩條序列中哪條更有可能表達(dá)呢？兩條序列的注釋都不是很明確，請大神幫忙解釋一下可好。 3、如何要全基因合成（CDS區(qū)），那是否要加上信號肽序列呢， 還是說只需要合成成熟肽即可，我的畢赤酵母載體上有信號肽，如何加上了基因自帶的信號肽序列會不會對于他的表達(dá)更完整了呢？ 請NCBI大神來解答呢。 拜托拜托。     |
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柚小西
新蟲 (初入文壇)
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
屁桃粉: 金幣+32, ★★★★★最佳答案 2015-12-15 21:04:54
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
屁桃粉: 金幣+32, ★★★★★最佳答案 2015-12-15 21:04:54
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師兄親， 是這樣， 我其實(shí)很糾結(jié)，因?yàn)槲艺业降膩碓从贏spergillus niger的α-淀粉酶在NCBI上的序列都是那種沒有文獻(xiàn)支持的，comment里面都說了是概念性轉(zhuǎn)化成核苷酸鏈， 而且對于核苷酸序列本來來說，存在生物學(xué)實(shí)驗(yàn)?zāi)芊癖磉_(dá)的不確定性。 現(xiàn)在可靠的幾個(gè)結(jié)論分別是： 1、NCBI序號以NP_ NM_ 開頭的序列最可靠，可進(jìn)行后續(xù)的機(jī)制分析 2、NCBI中的一些mRNA基因，在feature中只有 source 、gene、CDS 三個(gè)分欄，所以可以認(rèn)為其CDS區(qū)為成熟肽片段。 若師兄有幸?guī)兔Γ?能否給看看xm_001393589.2和xm_001395291.2這兩個(gè)基因哪個(gè)是完整的CDS片段呢？ 感激不盡   |
9樓2015-12-15 19:56:35
admission
木蟲 (著名寫手)
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看看是不是這篇文獻(xiàn)，里面好像提到你所要的版本號 鏈接: http://pan.baidu.com/s/1X9kr8 密碼: k2dd 你的CDS應(yīng)該是這部分吧，全基因合成應(yīng)該不便宜吧，如果是土壕實(shí)驗(yàn)室，請忽略 一般做法是提RNA，反轉(zhuǎn)錄，合成ORF。如果沒有內(nèi)含子，也應(yīng)該可以直接用DNA合成。 atggtctc 361 aatgtcggcc ctgcggcacg ggcttggggt cctctatctt gctagctggc tggggtcgtc 421 gctggctgcc agcaccgagc aatggaagtc ccggtcaatc tatcagacca tgacggatcg 481 gttcgcgcgc actgatggct caaccacctc cccctgcaac accacggagg gtctgtactg 541 tggtggtacc tggcgcggca tgatcaacca tctggattac atccagggga tgggctttga 601 tgccgtcatg atctccccta tcatcgagaa cgtcgaaggt cgcgtggagt acggagaagc 661 ctatcacggc tattggcccg tggatctgta ctccctcaac tcgcactttg gaacccacca 721 ggatctactg gacctgagtg atgccctgca tgctcgcgac atgtatctga tgatggacac 781 agtcatcaac aacatggcct acatcaccaa tggctccgac cccgccaccc acatcgacta 841 ctcaaccctg acccccttca atagctcgtc ttactaccat ccctactgta agatcaccga 901 ctggaataac ttcaccaatg cccagctgtg ccaaaccggt gacaacatcg tggccttgcc 961 cgatctgtat accgagcatg ccgaggtgca agaaaccctg agcaactggg ccaaggaagt 1021 catctccacc tattccatcg acggcctccg catcgatgcc gcaaaacatg tgaaccccgg 1081 cttcctgaag aatttcggcg atgcgcttga tatcttcatg accggcgaag tgctgcagca 1141 agaggtcagc acaatctgcg attatcagaa caactacatc ggcagtctcc cgaattaccc 1201 cgtctactac gccatgttga aggcctttac cttgggcaac accagcgccc tggccactca 1261 ggtccagtcg atgaagaatt cctgtaatga tgtgaccgcc ttgtcgtcat tctccgaaaa 1321 ccacgatgtc gcacgatttg ccagcatgac ccatgacatg gctctcgcga agaatattct 1381 cacattcact cttctcttcg acggtgttcc catgatctat caaggtcaag agcagcatct 1441 cgacggccct ggcagtccgg aaaaccgaga agcgatatgg ctctctgagt acaacaccga 1501 cgccgagctc tacaagttga tcggcaagtt gaacgccatc cggaagcacg cctaccgact 1561 cgacaatcac taccccgatg tcgagacgta ccccatcttc gaaggtggca gtgaactggg 1621 attccgcaag ggaatcgaag gtcgacaggt ggtcatgctt ctgtccacgc aaggcacgaa 1681 cagcagcgct tacaacctct cgatgccggt gagtttcacg ggtggcacag tagtgaccga 1741 gattctgaac tgcgtcaact acacggtcaa cacccagagc gaactcgtgg ttccgatgga 1801 taaaggagag ccgcgcgtgt tcttcccggc ggatctgatg cccggcagtg ggctgtgcgg 1861 acttcctgtc gcgaatgtca cctatgctgc cttgaggacg cagggtgcag cggcggcgga 1921 ggctgccttg tcgctaggta tcaagactga tgcagcttct agtgctttgc tttctctggg 1981 gctgtctgtg gtggcgggtc tgattgtggg gatgtggtaa tatgctgata gctacagatg 2041 ggttgagata tattatcatg |
2樓2015-12-15 10:30:08
屁桃粉
新蟲 (小有名氣)
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親， 感謝你的幫忙，可是系統(tǒng)顯示的不是應(yīng)助回帖， 我給不了金幣了，抱歉抱歉。 有一個(gè)問題需要請教，我粗略看了一下這個(gè)A.niger CBS513.88的全基因測序文章，看到關(guān)于α-淀粉酶的基因有四個(gè)，可是沒有找到具體在NCBI中的序列編號呢？我們實(shí)驗(yàn)室都是全基因合成的，因?yàn)闆]有模板，所以，我最擔(dān)心的是：沒有其他文獻(xiàn)顯示有人做過這個(gè)基因的外源表達(dá)，我擔(dān)心表達(dá)不出來。畢竟研三了哎，麻煩親能給與一些如何找到你貼出來的基因序列的過程。  捕獲1.PNG |
3樓2015-12-15 11:05:52
4樓2015-12-15 11:44:03
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