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趙紅霞鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[求助]
聚合物的pdb文件生成psf文件用于NAMD動(dòng)力學(xué)計(jì)算 已有1人參與
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想用全原子做聚合物（聚電解質(zhì)）在溶液里的構(gòu)象，因?yàn)轶w系大，materials studio算起來慢，想在NAMD里算。在生成psf文件時(shí)遇到問題，請(qǐng)各位支招。 1. 先在materials studio構(gòu)建好了聚合物分子，導(dǎo)出為pdb格式。 2. 下一步生成psf文件，不知道哪種方法好用，我暫且先選擇在VMD里借助psfgen轉(zhuǎn)化。pgn文件如下： package require psfgen topology par_all27_prot_lipid_na.inp segment U {pdb PCE1_period30nm11.pdb} coordpdb PCE1_period30nm11.pdb U guesscoord writepdb PCE1_period30nm11.pdb writepsf PCE1_period30nm11.psf 問題來了，因?yàn)閏harmm或者amber力場主要針對(duì)蛋白和核酸體系，里面規(guī)定了標(biāo)準(zhǔn)的殘基名，根據(jù)殘基來規(guī)定殘基里每個(gè)原子的力場參數(shù)。 我的polymer的殘基名無法識(shí)別。請(qǐng)問如何解決？ PS：雖然charmm或者amber力場主要針對(duì)蛋白和核酸體系，但是我看到文獻(xiàn)里仍然有人拿它們做別的polymer。那么psf如何生成呢？ |
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3樓2015-12-18 01:35:44
趙紅霞
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2樓2015-12-17 22:57:38
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4樓2015-12-18 07:29:07
lsloneil
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我不太明白你的意思。lammps里當(dāng)然可以用charmm力場。可是你的體系里分子的類型如果和charmm力場不匹配，你怎么調(diào)用charmm力場參數(shù)來做模擬? 我不清楚你是怎么生成lammps輸入文件的。如果是用charmm力場，一般通過charmm2lammps.pl這個(gè)腳本來生成輸入文件。即便使用這個(gè)腳本，你也需要charmm格式的topology和parameter文件，以及psf文件。如果你的pdb文件里原子類型和charmm力場topology文件里的原子類型根本不匹配，是根本不可能生成輸入文件的。 你現(xiàn)在的問題就是，你pdb文件里原子的類型和charmm力場的topology里原子還有分子類型不匹配，所以無法生成psf文件。 首先，你要搞清楚你要用什么力場，如果你要用charmm力場，那就把你的pdb文件里原子類型改成charmm的原子類型。 其次，你要確定charmm的topology文件里是否有你想模擬的分子。如果沒有，你應(yīng)該參照charmm topology文件的格式，自己建一個(gè)新的topology文件，文件中應(yīng)該包含你要模擬的高分子的原子質(zhì)量，成鍵，鍵角，二面角等信息。并注意topology文件里的原子名和residue name與你的pdb文件相匹配。至于有沒有腳本可以自動(dòng)生成topology文件，我不太清楚，請(qǐng)自行查找。 |
5樓2015-12-18 08:57:34
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