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撒哈拉0705鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
黃桿菌屬和假單胞菌屬有什么親緣關(guān)系嗎？為什么測序之后同時(shí)比對出這兩種菌 已有1人參與
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黃桿菌屬：Bacteroidetes; Flavobacteriia; Flavobacteriales; Flavobacteriaceae; Flavobacterium.、 假單胞菌屬：Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Alteromonadales; Pseudoalteromonadaceae; Pseudoalteromonas. 明明是不同的們綱目科屬啊，為什么一個(gè)菌比對的時(shí)候會同時(shí)比對出這兩種呢？而且還都是100%，序列v3區(qū)，比對長度150bp，難道是因?yàn)樾蛄刑塘�？望各位前輩指�? |
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haloarchaeon
金蟲 (小有名氣)
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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150bp的確太短了。 如果是分離的菌株，建議用引物27F和1541r測菌株的16SrRNA基因，再比對。 一般菌株用BLAST就可以比對。但要計(jì)算具體的相似性，建議用EzTaxon（http://www.ezbiocloud.net/eztaxon/database）。 |
2樓2015-12-18 19:49:48
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