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[求助]
如何判斷autodock結(jié)果的合理性，rmsd值能說(shuō)明嗎
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| 文獻(xiàn)中有這樣一句話Binding energies were calculated via the Lamarckian genetic algorithm and conformations that constitute each cluster were defined by a root mean square deviation tolerance of 2.0 Å.啥意思，rmsd值說(shuō)明啥問(wèn)題 |
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送紅花一朵 
3樓2015-12-20 12:15:59
SXL_XMC
銀蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 1308.1
- 散金: 443
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- 帖子: 322
- 在線: 129.8小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 2580205
- 注冊(cè): 2013-08-04
- 專業(yè): 天然藥物化學(xué)
2樓2015-12-19 22:33:38
waltq
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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- 注冊(cè): 2004-06-12
- 性別: GG
- 專業(yè): 發(fā)育生物學(xué)與生殖生物學(xué)
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樓主，我也在學(xué)習(xí)分子對(duì)接，好不容易走到autodock這一步，但是dlg文件又打不開(kāi)，出現(xiàn)下面的問(wèn)題，看了半天不知所云。望樓主指點(diǎn)一下。另外，我的系統(tǒng)是32位win7。 IDLE 1.2.2 ==== No Subprocess ==== >>> exception in _buildInputLig ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **kw ) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit d.readDlg(dlgFile) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg self.ch = ConformationHandler(self.ligMol, AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol' Exception in Tkinter callback Traceback (most recent call last): File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\lib-tk\Tkinter.py", line 1403, in __call__ return self.func(*args) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 5482, in guiCallback if hasattr(d.ligMol, 'vina_energy'): AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol' |
4樓2016-03-04 17:11:08
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