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syd89522木蟲 (小有名氣)
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[求助]
利用amber14運(yùn)行含金屬的蛋白動(dòng)力學(xué)時(shí)出現(xiàn)如下錯(cuò)誤
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我打算用amber14跑含有四個(gè)Ca2+離子的金屬蛋白動(dòng)力學(xué)，按照amber 官網(wǎng)上的教程來(lái)做，運(yùn)行parmed.py -n -O mod_wat.prmtop parmed.in 這一命令時(shí)，出現(xiàn)了以下錯(cuò)誤： The selected metal ion is C Action add12_6_4 failed LJ12_6_4Error: Could not find parameters for ATOM_TYPE N3 我的prmtop文件和inpcrd均成功生成，parmed.in 文件編輯如下： loadRestrt mod_wat.inpcrd setOverwrite True add12_6_4 :40@CA watermodel SPCE outparm mod_wat_ca.prmtop mod_wat_ca.inpcrd 請(qǐng)問@CA 前面的數(shù)字指的是該原子的原子量嗎？ 請(qǐng)教大家這個(gè)錯(cuò)誤該如何解決呢？ |
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