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維特的日記木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
二氧化硅包裹烷烴的核殼結(jié)構(gòu)模擬溫度和能量不守恒問(wèn)題 已有1人參與
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本人最近一段時(shí)間在模擬二氧化硅包裹烷烴的核殼結(jié)構(gòu)，模型是在烷烴的xy方向周?chē)粚佣趸瑁磝y方向是非周期的、z方向是周期的，類(lèi)似于長(zhǎng)方體形狀的管道。勢(shì)函數(shù)二氧化硅采用tersoff，烷烴使用Trappe，他們之間的相互作用用lj勢(shì)。目前在270K下弛豫100萬(wàn)步了，再轉(zhuǎn)到nve弛豫100萬(wàn)步，時(shí)間步長(zhǎng)為0.1fs。然后出現(xiàn)問(wèn)題了，模型在270K的nvt弛豫溫度還算正常在270上下小幅度振蕩，但是體系的總能量不斷減小，烷烴的總能量不斷增大，二氧化硅的總能量不斷減小。nve系綜的問(wèn)題更大，溫度隨著運(yùn)行時(shí)間緩慢上升，總能量是守恒的，二氧化硅的總能量不斷下降，烷烴的總能量不斷升高。一開(kāi)始我以為是時(shí)間步長(zhǎng)的問(wèn)題，所以才改成了0.1fs，起初是1fs的，但是改成0.1fs還是不能解決問(wèn)題。希望蟲(chóng)友們能夠幫幫忙，解決這個(gè)問(wèn)題。如下是nvt系綜的幾個(gè)圖，nve沒(méi)有運(yùn)行萬(wàn)就被我關(guān)了，因?yàn)橐呀?jīng)出現(xiàn)問(wèn)題了。 1.png 2.png 3.png 4.png |
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fuhuidong
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2樓2015-12-26 21:55:34
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3樓2015-12-26 22:11:45
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4樓2015-12-27 09:51:54
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請(qǐng)問(wèn)樓主解決了能量下降的問(wèn)題了嗎？我現(xiàn)在也是nvt發(fā)現(xiàn)能量一直降 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
5樓2018-01-18 23:54:44
brucefan
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【答案】應(yīng)助回帖
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我不覺(jué)得有什么問(wèn)題。nvt過(guò)程中總能降低是很自然的。nve過(guò)程中總能守恒也是正常的。至于一個(gè)勢(shì)能升高，一個(gè)勢(shì)能降低，那是因?yàn)檫�未達(dá)到平衡。你的初始結(jié)構(gòu)可能遠(yuǎn)離平衡。你能做的是盡量準(zhǔn)備接近目標(biāo)狀態(tài)的初始構(gòu)型以及嘗試更長(zhǎng)時(shí)間的模擬。另外，也可以嘗試在周期方向用npt算法。 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
6樓2018-01-19 00:23:47
looyady
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7樓2019-03-25 21:06:11
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