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tjneuron

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[求助] QIIME做OTU分析去除嵌合體出錯(cuò)

我用Virtualbox 5.0.12，裝的QIIME-1.9.1-amd64，做OTU分析。
在做第一步去嵌合體時(shí)，用了以下命令：identify_chimeric_seqs.py -i trim.fasta -m usearch61 -o check_chimeras -r /home/qiime/diversity/analysis/silva.gold.ng.fasta
注：我已經(jīng)將silva.gold.ng.fasta放在了analysis文件夾了。
結(jié)果運(yùn)行后出現(xiàn)下列錯(cuò)誤：
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/bin/identify_chimeric_seqs.py", line 354, in <module>
main()
File "/usr/local/bin/identify_chimeric_seqs.py", line 350, in main
threads=threads)
File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/qiime/identify_chimeric_seqs.py", line 774, in usearch61_chimera_check
log_lines, verbose, threads)
File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/qiime/identify_chimeric_seqs.py", line 891, in identify_chimeras_usearch61
consout_filepath=output_consensus_fp)
File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/bfillings/usearch.py", line 2280, in usearch61_smallmem_cluster
app_result = app()
File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/burrito/util.py", line 285, in __call__
'StdErr:\n%s\n' % open(errfile).read())
burrito.util.ApplicationError: Unacceptable application exit status: 139
Command:
cd "/home/qiime/diversity/analysis/check_chimeras/"; usearch61 --maxaccepts 1 --consout "/home/qiime/diversity/analysis/check_chimeras/trim.fasta_consensus_with_abundance.fasta" --usersort --id 0.97 --sizeout --minseqlength 64 --wordlength 8 --uc "/home/qiime/diversity/analysis/check_chimeras/trim.fasta_consensus_with_abundance.uc" --cluster_smallmem "/home/qiime/diversity/analysis/trim.fasta" --maxrejects 8 --strand plus --log "/home/qiime/diversity/analysis/check_chimeras/trim.fasta_smallmem_clustered.log" > "/tmp/tmpHO5kHDhuaxiCdEO1ZTPT.txt" 2> "/tmp/tmpuuaVrSi6Xn7UsQa60jl0.txt"
StdOut:
StdErr:
Segmentation fault
結(jié)果只在analysis文件夾下面生成了check_chimeras文件夾，但是check_chimeras文件夾里面沒能生成chimeras.txt文件。

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被我言中：新模板不強(qiáng)調(diào)格式了，假專家開始管格式了已經(jīng)有4人回復(fù)

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請(qǐng)問，這個(gè)silva.gold.ng.fasta在哪找到的，具體的鏈接能不能發(fā)我

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2樓2018-09-02 00:54:55