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#數(shù)據(jù)庫#lncRNASNP: 一個研究其中SNP以及它們在人類和小鼠中的潛在功能數(shù)據(jù)庫
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相關(guān)疾病： 長非編碼RNA（lncRNA）可以在各種細(xì)胞背景下，各種疾病中，以各種機制發(fā)揮關(guān)鍵作用。隨著人們發(fā)現(xiàn)的lncRNA和單核苷酸多態(tài)（SNP）數(shù)量快速增長，研究lncRNA中的SNP勢在必行。為了提供一個有用的資源，我們系統(tǒng)地識別了lncRNA中的SNP并分析了它們對lncRNA結(jié)構(gòu)和功能的潛在影響。最終，我們得到了人類和小鼠中超過30000個lncRNA的SNP，分別有495729和777095個。大量SNP被預(yù)測有影響miRNA-lncRNA互作的可能。我們還整合了實驗證實的靶向關(guān)系，保守的靶向關(guān)系和TCGA中miRNA的表達(dá)來最優(yōu)化miRNA-lncRNA在結(jié)合位點的互作情況。此外，通過將SNP映射到GWAS結(jié)果上，我們發(fā)現(xiàn)有142個人類lncRNA SNP是GWAS的tagSNP，還有197827個lncRNA SNP在GWAS連鎖不平衡區(qū)域。所有的這些數(shù)據(jù)都放在lncRNASNP數(shù)據(jù)庫中，并分為兩部分（小鼠和人類）。lncRNASNP提供用戶友好的界面來查詢SNP，lncRNA和miRNA。 Web Interface 所有數(shù)據(jù)被整合到MySQL表中。lncRNA轉(zhuǎn)錄本ID，miRNA ID和SNP ID作為連接各表的主鍵。通過Ruby on Rails框架建立lncRNASNP網(wǎng)站。我們設(shè)計了幾個用戶友好的輸入框來使得數(shù)據(jù)獲取更為便利。右上角的快速搜索框可以輸入lncRNA轉(zhuǎn)錄本ID，miRNA ID，SNP ID甚至是選定的基因組位置。 主頁也提供了高級搜索，可以通過不同的關(guān)鍵字和一列ID來查詢。 由于lncRNASNP數(shù)據(jù)庫包含了人類和小鼠的數(shù)據(jù)，我們將其分為兩部分，lncRNASNP-human和lncRNASNP-mouse。這兩個分?jǐn)?shù)據(jù)庫都有三個主要標(biāo)簽，SNP，lncRNA和miRNA。 SNP標(biāo)簽下儲存了所有l(wèi)ncRNA中的SNP和它們的詳細(xì)信息。這一部分的數(shù)據(jù)包含①SNP的基本信息②SNP對于二級結(jié)構(gòu)的影響和③SNP對miRNA-lncRNA互作的影響。對于lncRNASNP-human，這部分也包含了GWAS LD區(qū)域的SNP和相關(guān)的GWAS信息。 由于SNP列表實在太過龐大，我們建立了四個選項來優(yōu)化SNP選擇。第一個選項是‘position’，允許用戶在自定義的染色體區(qū)域內(nèi)查詢SNP。第二個選項是‘GMAF’，可以幫助用戶以最小等位頻率篩選結(jié)果。這一項對于關(guān)聯(lián)分析中使用的樣本大小有重要的意義。用戶也可以把查詢的SNP限制在GWAS區(qū)域之內(nèi)，或是只選擇影響miRNA-lncRNA互作的SNP。結(jié)合上述選項，用戶可以迅速找到感興趣的多態(tài)位點。 lncRNA標(biāo)簽下提供了lncRNA的信息。用戶通過點擊特定的lncRNA即可查看其基本信息，與其相關(guān)的SNP，miRNA結(jié)合位點和SNP帶來的結(jié)合位點增加/缺失。 在‘Basic information’部分，我們提供了lncRNA基因的保守信息，數(shù)據(jù)來源于Necsulea et al.的研究和lncRNAtor數(shù)據(jù)庫。 在‘miRNAs binding to lncRNA’部分，可能與此lncRNA結(jié)合的miRNA以有顏色的小塊呈現(xiàn)，不同的顏色代表不同的靶向類型（是否保守，是否有實驗支持，以及miRNA表達(dá)水平） 在‘miRNAsbinding to lncRNA’部分，可能與此lncRNA結(jié)合的miRNA以有顏色的小塊呈現(xiàn)，不同的顏色代表不同的靶向類型（是否保守，是否有實驗支持，以及miRNA表達(dá)水平） miRNA標(biāo)簽使得用戶可以通過表達(dá)來選擇miRNA，得到靶向的lncRNA及由SNP帶來的結(jié)合位點增加/缺失。在這一部分，miRNA根據(jù)表達(dá)不同被分為四類，高表達(dá)(RPM≥1000)，表達(dá)適中(10≤RPM< 1000)，低表達(dá)(1≤RPM<10)和不表達(dá)(RPM<1)。對于每個人類miRNA，我們也在‘basic information of miRNA’部分提供了其在28種類型癌癥中的表達(dá)水平。 歡迎云生信微信公眾平臺 ，共同探討生物信息學(xué)知識，一起進(jìn)步！ |
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