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keke_1210木蟲 (小有名氣)
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ptraj分析配體周圍水分子個數(shù)與每幀（整個ＭＤ過程的動態(tài)變化）的關系 已有1人參與
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最近在做蛋白質與配體的相互作用分析，遇到個問題，想看整個ＭＤ過程配體周圍水分子數(shù)目有何變化。我知道用ｒａｄｉａｌ可以求配體周圍水分子的徑向分布函數(shù)，但是這樣也只能得出水分子百分比與配體和水分子距離之間的關系。請問大家都是怎么分析的呢？ 我查了下，網(wǎng)上的說明有些模糊，并且試了之后并不奏效。下面是網(wǎng)上的回答： http://archive.ambermd.org/201201/0193.html http://archive.ambermd.org/201306/0408.html 各位有沒有做過此類分析呢？貌似用ｒａｄｉａｌ可以得出，你們腳本是怎么輸入的？ |
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是watershell的命令。我也看得很粗糙，也就說一下自己用過的命令而已，而你說的radii和contacts我都不知道咋用，要用的時候再看manual咯。具體的細節(jié)還是要靠自己 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
7樓2016-01-29 19:21:59
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