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抗原多肽設計的基本原則
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1、確定抗體的用途（應用）新開展一個研究項目，弄清楚所感興趣的蛋白的一些基本特性是很有必要的，特別是如果知道蛋白的結構會對選擇抗體易于接觸和識別的識別區(qū)域有很大的幫助。然而，在沒有這樣精確的結構信息（多數是這種情況）的情況下，了解研究的用途（應用）會影響多肽設計的策略。例如：如果研究重點是集中在蛋白的不同區(qū)域，如C 端或N 端，或在一種特定狀態(tài)下的蛋白，如磷酸化等，那么按照所需序列設計的多肽和產生的相應的抗體在應用上應該沒有太大的困難，然而，蛋白的構象將影響抗體與其識別區(qū)域之間的相互作用。這種情況下可能存在的問題是如果在折疊的蛋白中，該識別區(qū)域被藏在蛋白的內部，抗體將無法接觸到該區(qū)域。 2、識別區(qū)域的選擇原則一般說來最理想的抗原性識別區(qū)域應具備親水、位于蛋白表面和結構上易變形性等特點。因為在大多數的天然（自然）環(huán)境中，親水區(qū)域傾向于集中在蛋白表面，而疏水區(qū)域常常被包裹在蛋白內部，同樣道理，抗體只能與在蛋表面發(fā)現的識別區(qū)域相互作用，而當這些識別區(qū)域有足夠的結構易變形性而轉移到抗體可接觸的位置時，將會與抗體間有很高的親和性。 3、連續(xù)的與不連續(xù)的識別區(qū)域連續(xù)的區(qū)域是指由連續(xù)的氨基酸序列（殘基）構成的識別區(qū)域。大多數抗體是針對連續(xù)識別區(qū)域的，抗體能與這類區(qū)域以很高的親和力相結合表明這段序列不在蛋白內部。不連續(xù)的識別區(qū)域是代表有一定折疊的一段多肽序列，或是將兩段分離開的多肽連在一起的抗體的識別區(qū)域。在某些情況下，針對這樣不連續(xù)識別區(qū)域的抗體也能產生，只是用來免疫的抗原多肽必須具備與該不連續(xù)識別區(qū)域相似的二級結構，而序列的長度需要符合相關的要求。 4、基本建議為了避免識別區(qū)域隱藏在蛋白內部的風險，我們通常建議選擇蛋白的N，C兩端來產生的相應的抗體。因為在完整的蛋白中，N，C 兩端通常是暴露在蛋白表面的。然而，一定要注意膜蛋白的C端疏水性太強，不適合作為抗原。 5、序列的長度通常我們建議抗原多肽的序列長度在8-20 個氨基酸殘基之間，如果太短，就有多肽太特殊、所產生的抗體與天然蛋白之間的親和力（結合能力）不夠強的風險，同樣，如果序列長度超過20，將有可能引入二級結構，所產生的抗體失去特異性的可能，而且肽鏈越長，通常合成難度增大，不易獲得高純度的產品。 6、載體蛋白交聯的選擇基本原則：將載體蛋白加在遠離抗體識別區(qū)域的一端，在序列中沒有Cys 的情況下在N 或C 端加上Cys 為交聯的首選方法。 原文地址：http://blog.tianya.cn/post-7092494-104283680-1.shtml |
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