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李大木鐵蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
DNA鏈末端3'和5'殘基在Gromacs力場(chǎng)參數(shù)中找不到而無(wú)法識(shí)別，怎么辦？
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使用Hyperchem軟件搭建的DNA雙鏈的pdb文件，使用Gromacs模擬時(shí)，末端的3-CAP和5-CAP殘基由于在Gromacs力場(chǎng)文件中沒(méi)有對(duì)應(yīng)的殘基名稱(chēng)，所以無(wú)法進(jìn)行處理和運(yùn)行。想請(qǐng)教大家有沒(méi)有什么辦法可以解決這個(gè)問(wèn)題。 注： 1、Hyperchem和gromacs力場(chǎng)文件（如amber03、charmm27文件夾中的dna.rtp等）對(duì)于DNA的基團(tuán)的命名不同，需要手動(dòng)修改，但是力場(chǎng)參數(shù)文件里關(guān)于基團(tuán)的分類(lèi)只有A、T、C、G及其變種，沒(méi)有關(guān)于末端殘基的名稱(chēng)。 2、我試過(guò)去掉殘基后進(jìn)行模擬，此時(shí)末端會(huì)出現(xiàn)電荷過(guò)大，模擬結(jié)果反常且易報(bào)錯(cuò)。 3、我要做的DNA體系比較反常，需要自己搭建特殊的構(gòu)型。如果有其他可以自主搭建DNA結(jié)構(gòu)pdb文件的軟件，希望哪位蟲(chóng)友可以推薦一下，萬(wàn)分感謝！ |
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李大木
鐵蟲(chóng) (初入文壇)
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- 專(zhuān)業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
2樓2016-01-20 13:33:39
lsx19921130
新蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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3樓2016-12-16 10:48:36
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