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吉米愛多鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[求助]
gromacs的mdp文件中，有一個(gè)periodic-molecules選項(xiàng)，選yes還是no？
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這個(gè)選項(xiàng)選擇yes和no的區(qū)別在哪里呢? 手冊(cè)中說“for systems with molecules that couple to themselves through the periodic boundary conditions, this requires a slower PBC algorithm and molecules are not made whole in the output”。我體系中有一層礦物層，層內(nèi)只有非鍵作用。這個(gè)礦物層是周期性的，如圖，應(yīng)該選擇yes還是no呢？ 周期性分子.png |
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