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cuijiaxin銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat自由能分解 已有1人參與
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我想問一下，就是我做了結(jié)合自由能：MMPBSA了，然后出現(xiàn)的結(jié)果是FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat，然后我查看的話是有文件的，可以查看結(jié)果。但是我接下來做自由能分解：FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat，這個文件里面是空的，很多遍都沒有數(shù)據(jù)，不知道為啥。我也是按教程上面來操作的。 下面是結(jié)合自由能：FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat的命令 [clp@local]$ vi run_mmpbsa.sh MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp sol.parm -cp com.parm -rp rep.parm -lp lig.parm -y md_50snap.crd > progress.log [clp@local]$ vi mmpbsa.in input file for running PB and GB &general endframe=50, keep_files=2, / &gb igb=2,saltcon=0.100 / &pb istrng=0.100, inp=1, / 然后我做自由能分解：FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat的命令 [clp@local]$ vi run_mmpbsa.sh MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -do FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat -sp sol.parm -cp com.parm -rp rep.parm -lp lig.parm -y md_50snap.crd > progress.log [clp@local]$ vi mmpbsa.in Per-residue GB and PB decomposition &general endframe=50, verbose=1, / &pb istrng=0.100, / &decomp idecomp=1, print_res="1-157" dec_verbose=1, / 我想知道為啥，自由能分解：FINAL_DECOMP_MMPBSA.dat做不出來，求大神指導(dǎo)。 |
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2樓2016-06-13 15:13:48
，你print_res="1-157"這行參數(shù)刪除就知道了 3樓2016-06-16 10:14:03
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4樓2016-07-03 01:01:33
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