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jws101新蟲 (初入文壇)
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[求助]
GROMACS跑完動力學(xué)后RDF分析和二面角隨時間的變化
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| GROMACS跑完動力學(xué)后對結(jié)果rdf分析命令行如下：gmx rdf -f nvt.trr -s nvt.tpr -o nvt.xvg -b 0 -e 50000 -dt 100 -xvg none -bin 0.002 -selrpos mol_com,然后再都選取溶質(zhì)分子，體系是水里面的平面分子，想看平面分子間的質(zhì)心的RDF，看是否聚合。但是rdf的峰是出現(xiàn)在1埃處，vmd里看聚合的部分兩個平面分子沒有離這么近，不知道問題出在哪里。還有想看分子里的一個二面角隨著時間的變化不知道怎么弄啊，請大神們指點下qaq |
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