 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2594 | 回復: 1 | |||
[交流]
高通量測序環(huán)狀(circular RNA)生物信息分析（軟件） 已有1人參與
|
|
高通量測序環(huán)狀(circular RNA)生物信息分析 環(huán)形RNA是mRNA在剪接的過程中，上游exon的5’端與下游exon的3’端剪接到一起，從而形成的首尾相接的環(huán)狀RNA分子。早在1993 年，性別決定基因SRY的mRNA就被發(fā)現(xiàn)可以形成環(huán)狀RNA，且在睪丸中具有很高的豐度。近來的研究表明，高等動物中環(huán)狀RNA的種類和含量遠遠超過預期。 通過高通量測序分析，我們可以找到circular RNA。在測序下機數(shù)據(jù)查找circular RNA的方法主要有5種，即find_circ，circRNA_finder，CIRI，circExplorer，MapSplice。下面我們一一展示這些方法找circular RNA的命令，希望對大家的研究有所幫助。 #find_circ bowtie2 -p 16 --very-sensitive --mm -M20 --score-min=C,-15,0 -x /path/to/bowtie2_index -q -1 /path/to/file1.fq.gz -2 /path/to/file2.fq.gz | samtools view -hbuS - | samtools sort - output samtools view -hf 4 output.bam | samtools view -Sb - > unmapped.bam python unmapped2anchors.py unmapped.bam | gzip > anchors.qfa.gz bowtie2 -p 16 --reorder --mm -M20 --score-min=C,-15,0 -q -x /path/to/bowtie2_index -U anchors.qfa.gz | python find_circ.py -G /path/to/chomosomes.fa -p prefix -s find_circ.sites.log > find_circ.sites.bed 2> find_circ.sites.reads grep circ find_circ.sites.bed | grep -v chrM | python sum.py -2,3 | python scorethresh.py -16 1 | python scorethresh.py -15 2 | python scorethresh.py -14 2 | python scorethresh.py 7 2 | python scorethresh.py 8,9 35 | python scorethresh.py -17 100000 > finc_circ.candidates.bed #circRNA_finder ./runStar.pl /path/to/file1.fq /path/to/file2.fq /path/to/star_index /path/to/star/output ./postProcessStarAlignment.pl /path/to/star/output /path/to/circRNA_finder/output #CIRI bwa mem -t 16 -T 19 -v 2 /path/to/bwa_index /path/to/file1.fq /path/to/file2.fq >output.sam perl CIRI_v1.2.pl -I output.sam -O /path/to/ciri/output.txt -F /path/to/genome.fa -P #circExplorer tophat2 -a 6 --microexon-search -m 2 -p 16 -o circExplorer_output /path/to/bowtie1_index /path/to/file1.fq.gz /path/to/file2.fq.gz bamToFastq -i circExplorer_output/unmapped.bam -fq circExplorer_output/unmapped.fastq tophat2 -o circExplorer_output -p 16 --fusion-search --keep-fasta-order --bowtie1 --no-coverage-search path/to/bowtie2_index circExplorer_output/unmapped.fastq python CIRCexplorer.py -f circExplorer_output/accepted_hits.bam -g /path/to/genome.fa -r /path/to/gene_annotation_ucsc_hg19.txt -o output.txt #MapSplice python MapSplice-v2.1.8/mapsplice.py -1 /path/to/file1.fq -2 file2.fq -c /path/to/chromosome_sequences -x /path/to/bowtie1_index -p 16 -o Mapsplice_output --min-fusion-distance 200 --gene-gtf Homo_sapiens.GRCh37.66.gtf --fusion 好了，有了這些命令，大家可以隨心所欲處理高通量數(shù)據(jù)了，希望對家有幫助。如果大家對我們研究和分析感興趣，可以通過我的丁香園Id聯(lián)系我們。當然，我們也大量生物信息方面的學習視頻，感興趣的請進：https://shop119322454.taobao.com/ 參考文獻：1. Comparison of circular RNA prediction tools 2. CIRI: an efficient and unbiased algorithm for denovo circular RNA identification 3. Computational approaches for the analysis of ncRNA through deep sequencing techniques |
回復此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實驗中的趣事：實驗器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗中的趣事：和實驗材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復
-
化學工程及工業(yè)化學論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有105人回復
-
蛋白質(zhì)檢測：精準分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之小鼠實驗：嚴謹設計，解析生命機制的重要載體
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之重金屬檢測：精準篩查，守護健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標南京
已經(jīng)有0人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
2樓2017-06-05 10:27:55
相關版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 學員KgpCIM 的主題更新
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿西安交通大學材料工程專業(yè) 282分求調(diào)劑 +7 | 楓橋ZL 2026-03-18 | 9/450 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 313求調(diào)劑 +3 | 肆叁貳壹22 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
[考研] 324分 085600材料化工求調(diào)劑 +4 | llllkkkhh 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 294求調(diào)劑材料與化工專碩 +15 | 陌の森林 2026-03-18 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 阿姐阿姐家啊 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 350求調(diào)劑 +5 | weudhdk 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 260求調(diào)劑 +3 | 朱芷琳 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0856調(diào)劑，是學校就去 +8 | sllhht 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 298-一志愿中國農(nóng)業(yè)大學-求調(diào)劑 +9 | 手機用戶 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考博] 招收博士1-2人 +3 | QGZDSYS 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學調(diào)劑 +4 | 18889395102 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 本科鄭州大學物理學院，一志愿華科070200學碩，346求調(diào)劑 +4 | 我不是一根蔥 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +12 | 小熊joy 2026-03-14 | 13/650 |
|
|
|
[考研]
 0854，計算機類招收調(diào)劑
+3
|
胡辣湯放糖 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 生物學071000 329分求調(diào)劑 +3 | 我愛生物生物愛?/a> 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考博] 26申博 +4 | 八6八68 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿南京大學，080500材料科學與工程，調(diào)劑 +4 | Jy? 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑 +3 | 聽風就是雨； 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +3 | 曼殊2266 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +4 | 這么名字咋樣 2026-03-14 | 6/300 |
|