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Soledum銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
Gold對接，配體中出現(xiàn)不明原子，求debug
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我將蛋白質(zhì)結(jié)晶中的配體摳出來，加氫，構(gòu)象經(jīng)過處理后接回蛋白質(zhì)中。用不同的蛋白-配體復(fù)合物共對接了兩次，用pymol和Discovery studio觀察最終生成的結(jié)果文件，均發(fā)現(xiàn)羰基和羧基等處氧原子處多了2個不明（Unknown）原子，且Discovery studio顯示這些氧原子的雜化狀態(tài)變?yōu)榱藄p3。 第一次對接： 配體是多肽衍生物。 配體中含有的官能團(tuán)有：羧基（離子態(tài)），磷酸酯基團(tuán)（單酯），胍基，酰胺鍵。 在對接過程中，配體的磷酸基團(tuán)上非羥基氧都報錯（Warning message: check_atom_types: atom XX in XXX.mol2 is type O.2 but should be O.co2）； 所有部分雙鍵均報錯，鏈接胍基的碳都報錯（Warning message: check_bond_type: bond YY in XXX.mol2 is type am but should be ar）； 幾個酰胺鍵都報錯（Warning message: check_bond_type: bond 116 in C:/Users/zy/Desktop/ptp_dock/1g1h-gold/pdb1g1h-ori-lig-charged.mol2 is type 1 but should be am） 結(jié)果發(fā)現(xiàn)羰基、羧基和磷酸根上的所有氧原子（包括成酯的那個）均多了兩個不明原子 第二次對接： 配體也可以看做多肽衍生物，但是比第一次的分子小很多。 配體中含有的官能團(tuán)有：羧基（離子態(tài)），磷酸基團(tuán)（不是酯），酰胺鍵。 對接過程中僅有一個報錯，報在羧基碳上（Warning message: check_atom_types: atom ZZ in ZZZ.mol2 is type C.ar but should be C.2）; 沒想到所有酰胺的羰基上還是多了兩個不明原子。。。 改進(jìn)（并不。。。）： 改變對接參數(shù)：automatic atom typing中去掉ligand的對勾，未能成功杜絕任何不明原子； 考慮到配體上的有些原子的模式電荷帶有分?jǐn)?shù)，在上述基礎(chǔ)上將其存為能夠保留分?jǐn)?shù)電荷的.mol2格式，也未能杜絕任意一個不明原子的出現(xiàn)。 感謝各位老師耐心看完這些情況。。。希望各位老師能夠予以解答，告訴我問題出在哪里。。。本人將不勝感激  |
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