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已經(jīng)得到基因差異的數(shù)據(jù)，是.txt格式的，不知用limma如何分析。
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有關(guān)limma進(jìn)行數(shù)據(jù)分析的問題。我是R的新手，現(xiàn)在正頭疼怎樣用limma進(jìn)行基因矩陣數(shù)據(jù)的分析，已經(jīng)得到基因差異的數(shù)據(jù)，就是不知道如何分析。 以下是站內(nèi)的一組代碼： library(limma) eset<-read.table("eset.txt",sep="\t",header=T,row.names=1)#基因表達(dá)譜 design<-read.table("design.txt",header=T,sep="\t"  ##對樣本兩類樣本（正常和疾�。┑脑O(shè)計fit<-lmFit(eset,design) fit<-eBayes(fit) DERes<-topTable(fit,coef=colnames(design),number=length(fit)) write.table(DERes,"DEG.txt",sep="\t",quote=F) 想問下“design.txt”是怎么設(shè)計的？能具體說下嗎？非常感謝，急需答復(fù)，謝謝高手指導(dǎo)！ |
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