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在進(jìn)行高斯計(jì)算時(shí)如何消去虛頻（轉(zhuǎn)載）
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在進(jìn)行Gaussian計(jì)算時(shí)，經(jīng)常會(huì)出現(xiàn)多個(gè)虛頻個(gè)，每個(gè)都只有－30~－20左右，但是如果結(jié)構(gòu)改動(dòng)過大，則一不小心，虛頻就會(huì)更大。消除虛頻的主要方法是改變構(gòu)型。其次在計(jì)算上還可以嘗試：nosymm；加大循環(huán)次數(shù)；提高收斂度；iop(1/8=1)等。通常對(duì)于勢(shì)能面很平，較小的虛頻很難消除。 為了解決以上的這種現(xiàn)象,按如下的步驟一步步調(diào)整： 1）. 在優(yōu)化時(shí)采用Scf(tight)的選項(xiàng)，增加收斂的標(biāo)準(zhǔn)。再去計(jì)算頻率。如果還有虛頻，參見下一步。 2）. 對(duì)稱性的影響，很多情況下的虛頻是由于分子本身的對(duì)稱性造成的。這樣，在優(yōu)化時(shí)，如果必要，要將對(duì)稱性降低，還有，輸入文件有時(shí)是用內(nèi)坐標(biāo)。建議如果有虛頻的話，將內(nèi)坐標(biāo)改成直角坐標(biāo)優(yōu)化。但是有時(shí)這一方法也并沒有多大作用。 3）. 如果上述方法還有虛頻，看一下虛頻，找到強(qiáng)度較大的，將在頻率中產(chǎn)生的原子的振動(dòng)坐標(biāo)加到相應(yīng)的輸入文件中。這樣，重新計(jì)算。直到虛頻沒有。比較好的做法是分子結(jié)構(gòu)輸入用直角坐標(biāo)，將這些產(chǎn)生虛頻的振動(dòng)坐標(biāo)直接與原始坐標(biāo)相加。加的時(shí)候不一定要將坐標(biāo)直接相加，可以選擇權(quán)重如1/3相加等。 4）. 實(shí)際上，如果分子柔性較大，很難找到最低點(diǎn)，這是電子結(jié)構(gòu)計(jì)算的問題，這種情況下，需要?jiǎng)恿W(xué)的東西，用構(gòu)象搜尋的辦法解決。如：模擬退火，最陡下降法，淬火法等。將得到的能量最低的構(gòu)象做一般的電子結(jié)構(gòu)計(jì)算，這樣，應(yīng)當(dāng)沒有問題。 如果上面幾步仍然無(wú)法解決問題，則有可能是因?yàn)橛?jì)算還沒有得到最穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)，那么或者是分子結(jié)構(gòu)有問題，或者是計(jì)算錯(cuò)了，再者就是游離出現(xiàn)在計(jì)算的范疇。 最后如果是尋找過渡態(tài)，如果只有一個(gè)虛頻，而且該虛頻對(duì)應(yīng)某單鍵旋轉(zhuǎn)震動(dòng)，那么產(chǎn)生虛頻的原因就是初始結(jié)構(gòu)比較接近重疊構(gòu)象。這時(shí)把優(yōu)化過的結(jié)構(gòu)繞振動(dòng)方向旋轉(zhuǎn)幾十度再重新優(yōu)化就有可能得到正確的結(jié)果。優(yōu)化中等大小的有機(jī)分子（50-100原子）的時(shí)候，應(yīng)該經(jīng)常碰到這種情況。 當(dāng)出現(xiàn)兩個(gè)以上虛頻時(shí)，可以先看一下振動(dòng)模式。如果多余的虛頻，和想要的振動(dòng)模式發(fā)生在不同原子上，可以先固定過渡態(tài)模式所對(duì)應(yīng)的原子，然后做opt到minimal,一般可以把多余的虛頻去掉，再放開做全優(yōu)化�；蛟S會(huì)有所收獲。 |
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- 【討論】直接進(jìn)行頻率計(jì)算有意義嗎？
已經(jīng)有9人回復(fù)
15樓2013-01-18 13:55:00
5樓2012-04-11 16:58:35
8樓2012-06-25 22:29:25
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校區(qū)虛頻的方法有好多的！在進(jìn)行Gaussian計(jì)算時(shí)，經(jīng)常會(huì)出現(xiàn)多個(gè)虛頻個(gè)，但是如果結(jié)構(gòu)改動(dòng)過大，則一不小心，虛頻就會(huì)更大。消除虛頻的主要方法是改變構(gòu)型。其次在計(jì)算上還可以嘗試：nosymm；加大循環(huán)次數(shù)；提高收斂度；iop(1/8=1)等。通常對(duì)于勢(shì)能面很平，較小的虛頻很難消除。 消虛頻的最有效的方法，就是根據(jù)虛頻對(duì)應(yīng)的振動(dòng)位移(輸出文件每一個(gè)頻率下面都有一個(gè)類似坐標(biāo)的3列數(shù)值，給出的就是每個(gè)原子在這個(gè)振動(dòng)頻率時(shí)候的移動(dòng)方式)，把這些位移，乘以一個(gè)適當(dāng)大小的因子，直接和原來(lái)優(yōu)化好的平衡構(gòu)型相加，就得到新的構(gòu)型了。 |
10樓2012-07-09 10:07:30
簡(jiǎn)單回復(fù)
2012-05-14 09:31
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2012-07-02 16:35
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