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在進(jìn)行高斯計算時如何消去虛頻（轉(zhuǎn)載）
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在進(jìn)行Gaussian計算時，經(jīng)常會出現(xiàn)多個虛頻個，每個都只有－30~－20左右，但是如果結(jié)構(gòu)改動過大，則一不小心，虛頻就會更大。消除虛頻的主要方法是改變構(gòu)型。其次在計算上還可以嘗試：nosymm；加大循環(huán)次數(shù)；提高收斂度；iop(1/8=1)等。通常對于勢能面很平，較小的虛頻很難消除。 為了解決以上的這種現(xiàn)象,按如下的步驟一步步調(diào)整： 1）. 在優(yōu)化時采用Scf(tight)的選項，增加收斂的標(biāo)準(zhǔn)。再去計算頻率。如果還有虛頻，參見下一步。 2）. 對稱性的影響，很多情況下的虛頻是由于分子本身的對稱性造成的。這樣，在優(yōu)化時，如果必要，要將對稱性降低，還有，輸入文件有時是用內(nèi)坐標(biāo)。建議如果有虛頻的話，將內(nèi)坐標(biāo)改成直角坐標(biāo)優(yōu)化。但是有時這一方法也并沒有多大作用。 3）. 如果上述方法還有虛頻，看一下虛頻，找到強度較大的，將在頻率中產(chǎn)生的原子的振動坐標(biāo)加到相應(yīng)的輸入文件中。這樣，重新計算。直到虛頻沒有。比較好的做法是分子結(jié)構(gòu)輸入用直角坐標(biāo)，將這些產(chǎn)生虛頻的振動坐標(biāo)直接與原始坐標(biāo)相加。加的時候不一定要將坐標(biāo)直接相加，可以選擇權(quán)重如1/3相加等。 4）. 實際上，如果分子柔性較大，很難找到最低點，這是電子結(jié)構(gòu)計算的問題，這種情況下，需要動力學(xué)的東西，用構(gòu)象搜尋的辦法解決。如：模擬退火，最陡下降法，淬火法等。將得到的能量最低的構(gòu)象做一般的電子結(jié)構(gòu)計算，這樣，應(yīng)當(dāng)沒有問題。 如果上面幾步仍然無法解決問題，則有可能是因為計算還沒有得到最穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)，那么或者是分子結(jié)構(gòu)有問題，或者是計算錯了，再者就是游離出現(xiàn)在計算的范疇。 最后如果是尋找過渡態(tài)，如果只有一個虛頻，而且該虛頻對應(yīng)某單鍵旋轉(zhuǎn)震動，那么產(chǎn)生虛頻的原因就是初始結(jié)構(gòu)比較接近重疊構(gòu)象。這時把優(yōu)化過的結(jié)構(gòu)繞振動方向旋轉(zhuǎn)幾十度再重新優(yōu)化就有可能得到正確的結(jié)果。優(yōu)化中等大小的有機分子（50-100原子）的時候，應(yīng)該經(jīng)常碰到這種情況。 當(dāng)出現(xiàn)兩個以上虛頻時，可以先看一下振動模式。如果多余的虛頻，和想要的振動模式發(fā)生在不同原子上，可以先固定過渡態(tài)模式所對應(yīng)的原子，然后做opt到minimal,一般可以把多余的虛頻去掉，再放開做全優(yōu)化。或許會有所收獲。 |
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5樓2012-04-11 16:58:35
8樓2012-06-25 22:29:25
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校區(qū)虛頻的方法有好多的！在進(jìn)行Gaussian計算時，經(jīng)常會出現(xiàn)多個虛頻個，但是如果結(jié)構(gòu)改動過大，則一不小心，虛頻就會更大。消除虛頻的主要方法是改變構(gòu)型。其次在計算上還可以嘗試：nosymm；加大循環(huán)次數(shù)；提高收斂度；iop(1/8=1)等。通常對于勢能面很平，較小的虛頻很難消除。 消虛頻的最有效的方法，就是根據(jù)虛頻對應(yīng)的振動位移(輸出文件每一個頻率下面都有一個類似坐標(biāo)的3列數(shù)值，給出的就是每個原子在這個振動頻率時候的移動方式)，把這些位移，乘以一個適當(dāng)大小的因子，直接和原來優(yōu)化好的平衡構(gòu)型相加，就得到新的構(gòu)型了。 |
10樓2012-07-09 10:07:30
12樓2012-08-29 09:03:27
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18樓2017-06-09 18:24:47
簡單回復(fù)
nnipp2樓
2012-02-24 17:39
回復(fù)
五星好評 謝謝分享
gonghj4樓
2012-03-30 09:07
回復(fù)
五星好評 頂
2012-05-14 09:31
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五星好評
2012-06-01 16:46
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五星好評 
2012-07-02 16:35
回復(fù)
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chenzz71811樓
2012-07-09 11:39
回復(fù)
五星好評 感謝分享！
yex10235041919樓
2018-01-07 13:45
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